قالب فستک

قالب فستک (FASTQ) قالب مبتنی بر متن برای ذخیره‌سازی هر دوی رشته‌های زیستی (معمولاً توالی اسید نوکلئیک) و نمره کیفیت متناظر آن است. هر دوی رشته و نمره کیفیت، با یک کاراکتر ASCII تنها برای اختصار کدگذاری شده‌است. نخست موسسه ولکام تراست سانگ (Wellcome Trust Sanger Institute) برای بسته بندی یک دنباله قالب فستا و داده‌های کیفیت آن تولید کرد، اما به تازگی در حال تبدیل شدن به استاندارد برای ذخیره‌سازی خروجی دستگاه‌های با توان بالا مانند دستگاه آنالیز ژنوم Illumina می‌باشد.

قالب

فایل فستک به‌طور معمول از چهار خط در هر دنباله استفاده می‌کند. خط اول با یک نویسه '@' شروع می‌شود و توسط دنباله شناسه و شرح اختیاری (مثل خط عنوان فستا) ادامه می‌یابد. خط دوم رشتهٔ خام است. خط سوم با نویسه '+' آغاز می‌شود و دوباره توسط همان شناسهٔ رشته (و همان توضیحات)به صورت اختیاری دنبال می‌شود. خط چهارم کد شدهٔ مقادیر کیفیت برای دنباله‌ای درج شده در خط دوم، می‌باشد و باید به همان تعداد از نمادها را شامل باشد. یک نمونه از آن به صورت زیر می‌باشد:

@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65

جستارهای وابسته

پیوست
  • MAQ صفحه‌ای برای بحث روی انواع فستک
This article is issued from Wikipedia. The text is licensed under Creative Commons - Attribution - Sharealike. Additional terms may apply for the media files.