سید علی خامنه‌ای

جد بزرگ وی سید محمد حسینی تفرشی از سلسله سادات افطسی است. شجره وی به سلطان سید احمد می‌رسد که با پنج واسطه از اخلاف علی بن الحسین، امام چهارم شیعیان، است.[30] پدر سید علی خامنه‌ای، سید جواد و پدربزرگ پدریش سید حسین خامنه‌ای از روحانیان آذری مقیم نجف بودند و نیایش از تفرش به آذربایجان هجرت کرده‌بود. سید حسین خامنه در شمار فقها و مدرسان برجسته حوزه علمیه نجف به‌شمار می‌آمده‌است. سید حسین همچنین از مدرسان مدرسه علمیه طالبیه تبریز بوده‌است و امامت مسجد جامع آن شهر را نیز به عهده داشته‌است.[30] پدر وی سید جواد خامنه‌ای زاده نجف است. وی در کودکی از نجف به تبریز آمده‌است. پس از به پایان رساندن دروس مقدماتی حوزه در نجف، در بازگشت به ایران در مشهد اقامت می‌گزیند و در کنار تدریس، به عنوان امام جماعت مسجد صدیقی‌های بازار مشهد فعالیت می‌کند. وی امام جماعت مسجد گوهرشاد نیز بود.[30] عموی وی، سید محمد خامنه‌ای، و شوهر عمه‌اش، محمد خیابانی، از طرفداران جنبش مشروطه ایران بوده‌اند.[30][31]

مادرش خدیجه میردامادی (۱۲۹۱–۱۳۶۸)،[32] تنها دو ماه بعد از شروع رهبری او درگذشت. وی دربارهٔ مادرش چنین گفته‌است: «مادرم خانمی بود بسیار فهمیده، باسواد، کتابخوان، دارای ذوق شعری و هنری، حافظشناس –البته نه به معنای علمی، بلکه به معنای مأنوس بودن با دیوان حافظ–، با قرآن کاملاً آشنا بود».[33] او دختر هاشم میردامادی بود، که اصالتاً اصفهانی و مقیم مشهد بود. سید هاشم نجفی میردامادی از مفسران قرآن و امام جماعت مسجد گوهرشاد بوده‌است، که در زمان رضا شاه به علت اعتراض به کشتار مردم در واقعه مسجد گوهرشاد، به سمنان تبعید می‌شود.[30] به گفته علی اکبر ولایتی در دائرةالمعارف بزرگ اسلامی سلسله نسب سید علی خامنه‌ای از سوی مادر به امام جعفر صادق، پیشوای ششم شیعیان، می‌رسد.[30] بنابر گفته برخی منابع، پدر بزرگ مادری وی، زاده و بزرگ‌شدهٔ نجف و دانش‌آموختهٔ حوزهٔ علمیهٔ نجف و نیز از سادات میردامادی اصفهانی و مشخصاً نجف‌آبادی بود. او حدوداً در ۴۰ سالگی به ایران مهاجرت کرد و در مشهد به تبلیغات مذهبی و تحصیل و تدریس و نوشتن کتاب‌های اسلامی مشغول بود. وی سالیان بسیار امام جماعت مسجد جامع گوهرشاد بود و به تفسیر قرآن اشتغال داشت و کتاب تفسیر قرآن خلاصةالبیان را نوشت. او در زمان کشف حجاب در حکومت رضاشاه در مسجد گوهرشاد مشهد مبارزاتی کرد و پس از مخالفت با این طرح به سمنان تبعید شد.[34]

سید جواد خامنه‌ای از ازدواج اولش سه دختر به نام‌های علویه، بتول و فاطمه داشت که همگی فوت کرده‌اند. پس از درگذشت همسر اولش با خدیجه میردامادی، ازدواج کرد که از این ازدواج دارای ۴ پسر (سید محمد، سید علی، سید هادی و سید حسن) و یک دختر (بدری) شد.[35][36]

سید محمد، فرزند ارشد سید جواد، عضو مجلس خبرگان قانون اساسی بود و در حال حاضر ریاست بنیاد حکمت اسلامی صدرا را بر عهده دارد. سیدهادی، برادر کوچکتر سیدعلی، نیز روحانی و فعال سیاسی عضو مجمع روحانیون مبارز است، که در سال ۱۳۷۹ روزنامهٔ حیات نو را منتشر کرد، که بعداً به دستور دادگاه ویژهٔ روحانیت توقیف شد.[37][38] خواهر تنی او بدری همسر علی تهرانی است. علی تهرانی روحانی فعّال در دوران انقلاب بود که به مجاهدین خلق گرایید و به عراق پناهنده گشت. او در سال ۱۳۷۴ به همراه خانواده‌اش به ایران بازگشت.[39][40] کوچکترین برادر او، سید حسن، مسئول هیئت‌های رسیدگی به تخلفات اداری وزارت نفت و نمایندهٔ وزیر نفت در این هیئت،[41] و عضو شورای پروانه نمایش است.[42]

سید علی خامنه‌ای متأهل و دارای ۶ فرزند است. همسر وی منصوره خجسته باقرزاده نام دارد. نام دخترانش بشری و هدی، و پسرانش مصطفی، مجتبی، مسعود (محسن) و میثم است.[43][44] بشری همسر محمدجواد گلپایگانی فرزند محمدی گلپایگانی رئیس دفتر رهبری است.[45] هدی، همسر مصباح‌الهدی باقری کنی فرزند محمدباقر باقری کنی است.[46] مجتبی با دختر غلامعلی حداد عادل ازدواج کرده‌است.[47] مصطفی با دختر عزیزالله خوشوقت و مسعود نیز با فرزند محسن خرازی و خواهر صادق خرازی ازدواج کرده‌است.[45] میثم داماد محمود لولاچیان از بازاریان مذهبی تهران است.[32] به گفته احمد مروی، معاون ارتباطات حوزه‌ای دفتر سید علی خامنه‌ای، هر چهار پسر وی تحصیلات حوزوی دارند و پدر آن‌ها را از فعالیت اقتصادی منع کرده‌است. سید مصطفی به تدریس سطوح عالیه حوزوی نظیر مکاسب و کفایه در قم اشتغال دارد.[48]

او از دوران کودکی در خانواده‌ای فقیر پرورش یافت.[49] وی می‌گوید که دوران کودکی‌اش در فقر گذشت و تا چهار پنج سالگی در خانه‌ای نسبتاً کوچک در محله‌ای فقیرنشین در مشهد ساکن بود که فقط یک اتاق و یک زیرزمین داشت. بعداً جمعی از ارادتمندان به سیدجواد خامنه‌ای زمین کوچکی را در کنار آن خانه خریدند و هدیه کردند و خانه دارای سه اتاق شد.[50]

وی تحصیل را از چهار سالگی به همراه برادر بزرگش سید محمد در مکتب‌خانه و با فراگیری قرآن شروع کرد؛ و پس از مدتی دورهٔ دبستان را در نخستین مدرسهٔ اسلامی مشهد، به نام دارالتعلیم دیانتی گذراند.[51] در همین ایام، یادگیری قرائت و تجوید قرآن را نزد برخی قاریان قرآن مشهد آغاز کرد.

هم‌زمان با تحصیل در کلاس پنجم دبستان، تحصیلات مقدماتی حوزوی را نیز آغاز کرد. شوق وافر او به تحصیلات حوزوی و تشویق والدین سبب شد که وی پس از اتمام دورهٔ دبستان، وارد دنیای طلبگی شود و تحصیل علوم دینی را در مدرسهٔ سلیمان‌خان ادامه دهد. وی بخشی از مقدمات را نیز نزد پدر طی کرد. سپس به مدرسهٔ نواب رفت و دورهٔ سطح را در آن به پایان برد. هم‌زمان با تحصیلات حوزوی دورهٔ دبیرستان را تا سال دوم متوسطه ادامه داد.[52] پس از گذراندن دوره مقدمات، و خواندن جامع المقدمات و صرف و نحو، وارد حوزه علمیه مشهد شد و توانست تحصیلات خود در علوم دینی را در مدرسه سلیمان خان ادامه دهد و پس از رفتن به مدرسه نواب، دروس سطح را در آنجا به پایان برساند.[30][53]

وی کتب ادبی از قبیل جامع المقدمات، سیوطی، مغنی را نزد مدرّسان مدرسهٔ سلیمان خان و نوّاب خواند. پدر نیز بر درس فرزندانش نظارت می‌کرد. کتاب معالم را نزد سید جلیل حسینی سیستانی در همان دوره خواند. سپس شرایع الاسلام و شرح لمعه را مشترکاً نزد پدر و آقا میرزا مدرس یزدی آموخت و رسائل و مکاسب را در حضور هاشم قزوینی. بقیهٔ دروس سطح فقه و اصول را نزد خود پدر خواند و دورهٔ مقدمات و سطح را در پنج سال و نیم به اتمام رساند. در دروس خارج فقه سید محمد هادی میلانی نیز شرکت جست.[30] در زمینهٔ منطق و فلسفه، کتاب منظومهٔ سبزواری را ابتدا از میرزا جوادآقا تهرانی و بعدها نزد رضا ایسی خواند.[54]

همچنین خامنه‌ای در سال ۱۳۸۸ پیشنهاد اخذ مدرک دکترای افتخاری را که از طرف استادان و رئیس دانشگاه تهران مطرح شد را رد کرد.[55]

سیدعلی خامنه‌ای، از شاگردان سید محمدهادی میلانی بود.[56][57] وی از طرف سید محمد هادی میلانی اجازه روایت نیز دریافت کرده‌است.[30]

سید علی خامنه‌ای از سن هجده‌سالگی در مشهد درس خارج فقه و اصول را نزد سید محمدهادی میلانی از مراجع وقت آغاز کرد. در سال ۱۳۳۶ به قصد زیارت عازم نجف شد. در مدت اقامت کوتاه خود از دروس سید محسن حکیم و ابوالقاسم خویی و سید محمود حسینی شاهرودی بهره برد. او با مشاهدهٔ وضعیت تحقیق و تدریس در نجف تصمیم به تحصیل در آن شهر گرفت، ولی به دلیل مخالفت پدر پس از هفت ماه به ایران بازگشت.[58] از دیگر اساتیدی که وی توانست پس از رفتن به نجف از محضرشان استفاده کند، می‌توان به افرادی همچون میرزا باقر زنجانی و میرزا حسن بجنوردی اشاره کرد.[30]

پس از آن از سال ۱۳۳۷ تا ۱۳۴۳ در حوزه علمیه قم به تحصیلات عالی در فقه و اصول و فلسفه مشغول شد. وی همچنین در قم نزد استادانی همچون سید محمدحسین طباطبایی، سید روح‌الله خمینی، سید محمد محقق داماد و مرتضی حائری یزدی کسب علم کرده‌است.[30] در سال ۱۳۴۳ یک چشم پدرش براثر بیماری آب مروارید نابینا شد. پس از آن به‌رغم علاقه‌اش به تحصیل در قم، برای مراقبت از پدر به مشهد بازگشت و تا سال ۱۳۴۷، در همان‌جا درس‌آموزی خود را با شرکت در دروس استادانی چون میلانی ادامه داد. در کنار آن به کتاب‌های فقه و اصول و معارف دینی به طلاب و دانشجویان می‌آموخت.[58]

به نوشته آبراهامیان، بعد از برگزیده شدن «حجت‌الاسلام سیدعلی خامنه‌ای» به عنوان رهبر ایران، رسانه‌های حکومتی، او و همکارش «حجت‌الاسلام علی اکبر هاشمی رفسنجانی» را به عنوان آیت‌الله معرفی کردند.[59] وبگاه صالحات ادعا می‌کند که اجتهاد وی در سال ۱۳۶۹ یک سال پس از درگذشت خمینی و انتصاب وی به عنوان رهبری را ۷ آیت‌الله به‌طور رسمی و عمومی تأیید کردند.[60]

سید علی خامنه‌ای از زمان حضور در مشهد به کار تدریس مشغول بوده‌است. ابتدا تدریس در سطوح عالی یعنی رسائل، مکاسب و کفایه را انجام می‌داده‌است. وی پس از انقلاب نیز در طول دوره ریاست جمهوری‌اش درس تفسیر را ادامه می‌داد. از سال ۱۳۶۹ به این سو وی تدریس دروس خارج فقه را تا کنون ادامه داده‌است.[30]

سید علی خامنه‌ای در زندان، در دوران حکومت پهلوی

خامنه‌ای اولین بار در بیرجند دستگیر شد که این دستگیری منجر به ۱۰ روز بازداشت وی در بازداشتگاهی در مشهد شد. پس از اجرای همه‌پرسی لایحه انجمن‌های ایالتی و ولایتی، سید علی خامنه‌ای به همراه برادرش سید محمد، گزارشی از جانب سید هادی میلانی دربارهٔ واکنش مردم مشهد به همه‌پرسی برای خمینی می‌برد. از این پس، خمینی وظیفه رساندن پیام‌هایش به روحانیون خراسان و مردم مشهد را به خامنه‌ای محول می‌کند. وی در منابر و مجالس برخی شهرهای خراسان همچون بیرجند، دربارهٔ مسائلی همچون حادثه حمله به مدرسه فیضیه قم و سلطه اسرائیل بر جوامع اسلامی سخنرانی می‌کند. به دنبال این سخنرانی‌ها حکومت پهلوی وی را در ۱۲ خرداد ۱۳۴۲ شمسی بازداشت و زندانی کرد.[30] با پیش آمدن حوادث ۱۵ خرداد ۱۳۴۲، او را از بیرجند به مشهد آورده تحویل بازداشتگاه نظامی دادند و ۱۰ روز آنجا زندانیش کردند.[49][62] وی پس از آزادی از زندان، ارتباط خود را با سید هادی میلانی حفظ کرده و راهی قم می‌شود و در آنجا فعالیت‌های سیاسی اش را ادامه می‌دهد. وی به طرفداری از سیدمحمود طالقانی، یدالله سحابی و مهدی بازرگان، که به دلیل حمایت از سید روح‌الله خمینی زندانی بودند، تلگرامی برای این افراد می‌فرستد. او طلاب خراسانی را برای اعتراض به حصر خمینی هدایت کرد و نامه‌ای به حسنعلی منصور، نخست‌وزیر وقت، نوشت.[30]

بهمن ۱۳۴۲ (رمضان ۱۳۸۳ قمری) او با عده‌ای از دوستانش به کرمان رفت و پس از دو سه روز توقف در کرمان و سخنرانی و منبر و دیدار با عالمان و طلاب شهر، عازم زاهدان شد. در آن جا نیز به دلیل سخنرانی‌ها و فعالیت سیاسی بازداشت و راهی زندان قزل قلعه می‌شود. در اسفند همان سال با قرار التزام به عدم خروج از تهران آزاد می‌شود و تا زمان انقلاب ۵۷ همواره تحت کنترل نیروهای امنیتی حکومت وقت قرار دارد.[30]

به دلیل کلاس‌های تفسیر و حدیث و اندیشهٔ اسلامی وی در مشهد و تهران مورد تعقیب ساواک قرار گرفت. در پاییز سال ۱۳۴۳ پس از بازگشت به مشهد، در کنار مراقبت از پدر فعالیت سیاسی خویش را ادامه داد. در ۲۹ بهمن ۱۳۴۳ به تبعید سید روح‌الله خمینی در ضمن نامه‌ای خطاب به امیر عباس هویدا اعتراض کرد. وی به همراه عده‌ای دیگر از حوزویان گروه یازده نفره‌ای را شکل دادند که فعالیت شان مبارزه با رژیم پهلوی بود. این تشکیلات را ساواک در اواخر سال ۴۵ کشف می‌کند و سید علی خامنه‌ای نیز مورد تعقیب قرار می‌گیرد. در همین دوران سید علی به ترجمه کتاب آینده در قلمرو اسلام اقدام می‌کند. ساواک این کتاب را توقیف می‌کند ولی سید علی را نمی‌تواند بازداشت کند. وی مدتی پس از آن امامت جماعت مسجد امیرالمؤمنین را بر عهده داشت. به دنبال دستگیری سید حسین قمی و اعتراض سید علی، ساواک در چهارده فروردین ۱۳۴۶ وی را در مراسم تشییع مجتبی قزوینی دستگیر می‌کند و در ۲۶ تیرماه آزاد می‌شود.[30]

از نگاه ولایتی شیوه مبارزاتی سید علی خامنه‌ای، بر اساس اندیشه اسلامی و گرفتن مبانی مبارزاتی از منابعی چون قرآن و احادیث در تقابل با اندیشه‌های مادی گرایانه و مارکسیستی و لیبرال بوده‌است. ولایتی از جمله علل موفقیت سید علی خامنه‌ای در مبارزات سیاسی را داشتن نگاه چند بعدی، استفاده از شبکه عظیم اطلاع‌رسانی نهضت سید روح‌الله خمینی و استفاده از منبر و عملگرایی می‌داند.[30] در نهم شهریور ۱۳۴۹ سید علی به عنوان سرپرست گروه امداد راهی مناطق زلزله زده جنوب خراسان یعنی فردوس می‌شود. وی در این مدت نیز به فعالیت تبلیغی و سیاسی خویش ادامه می‌دهد.[30] وی تا اواخر دوران حکومت پهلوی، به سبب ممانعتی که از خروج وی برای زیارت عتبات و دیدار با سید روح‌الله خمینی صورت گرفت از خروج از کشور ممنوع شد.[30]

وی دربارهٔ پنجمین بازداشت خویش توسط ساواک می‌نویسد:[58]

از سال ۴۸ زمینهٔ حرکت مسلحانه در ایران محسوس بود. حساسیت و شدت عمل دستگاه‌های جاری رژیم پیشین نیز نسبت به من، که به قرائن دریافته بودند چنین جریانی نمی‌تواند با افرادی از قبیل من در ارتباط نباشد، افزایش یافت. سال ۵۰ مجدداً و برای پنجمین بار به زندان افتادم. برخوردهای خشونت‌آمیز ساواک در زندان آشکارا نشان می‌داد که دستگاه از پیوستن جریان‌های مبارزهٔ مسلحانه به کانون‌های تفکر اسلامی به‌شدت بیمناک است و نمی‌تواند بپذیرد که فعالیت‌های فکری و تبلیغاتی من در مشهد و تهران از آن جریان‌ها بیگانه و به‌کنار است. پس از آزادی، دایرهٔ درس‌های عمومی تفسیر و کلاس‌های مخفی ایدئولوژی و… گسترش بیشتری پیدا کرد.

در سال ۱۳۴۸ سخنرانی‌هایی در مسجد الجواد تهران و حسینیه ارشاد تهران به دعوت مرتضی مطهری و انجمن اسلامی مهندسین برای دانشجویان و دانش آموزان داشت. وی همچنین در بهار سال ۱۳۴۹ سلسله جلساتی را برگزار کرد که ایده مبارزاتی آن مبتنی بر تدوین جهان بینی و ایدئولوژی اسلامی بوده‌است. پس از در گذشت سید محسن حکیم و حساس شدن موضوع مرجعیت در خرداد ۱۳۴۹، سید علی خامنه‌ای تلاش بسیاری برای تحکیم مرجعیت سید روح‌الله خمینی کرد. پس از درگذشت محمد رضا سعیدی، طلاب علوم دینی تحت هدایت وی به تهیه و انتشار اعلامیه‌هایی در انتقاد از رژیم پهلوی و حمایت از سید روح‌الله خمینی پرداختند. در دوم مهر ماه ۱۳۴۹، ساواک مشهد وی را در زندان لشکر خراسان بازداشت می‌کند. وی پس از آزادی در سال ۱۳۴۹ شمسی باز هم سخنرانی‌هایی در مخالفت با رژیم در هیئت انصار الحسین تهران ایراد کرد.[30]

به دنبال تحریم جشن‌های ۲۵۰۰ سال از سوی سید روح‌الله خمینی و تشدید مراقبت‌های امنیتی ساواک، سید علی خامنه‌ای ابتدا در مرداد ۱۳۵۰ بازداشت شد و در همان زندان لشکر خراسان زندانی شد. وی در همان سال دو بار دیگر نیز بازداشت شد. یکی در آبان ماه و دیگری در آذرماه که جرم وی اقدام علیه امنیت ملی عنوان شده‌است؛ و ی پس از آزادی باز فعالیت‌های سیاسی خودش را در پیش گرفت و جلساتی را در هیئت انصار الحسین و مسجد نارمک برگزار می‌کرد.[30]

در خلال سال‌های ‎۱۳۵۰–۱۳۵۳ درس‌های تفسیر و ایدئولوژی سید علی خامنه‌ای در سه مسجد کرامت و امام حسن و میرزا جعفر در مشهد تشکیل می‌شد.[30] این فعالیت‌ها موجب شد که در دی ماه ۱۳۵۳ ساواک به خانه‌اش در مشهد هجوم برده، او را دستگیر و بسیاری از یادداشت‌ها و نوشته‌هایش را ضبط کند. در فروردین ۱۳۵۲ برای تبلیغ سید علی عازم نیشابور می‌شود و جلساتی را در مساجد شهر نیشابور برگزار می‌کند. در خرداد ۱۳۵۲ جلسات تفسیر وی را ساواک در مسجد امام حسن و منزل وی تعطیل می‌کند. در آذر ۱۳۵۲ به دعوت بانی و واقف مسجد کرامت مشهد، فعالیت خود را در آن جا دنبال می‌کند ولی ساواک او را بازداشت می‌کند. در آبان ۱۳۵۳ به دعوت محمد مفتح به سخنرانی در مسجد جاوید تهران می‌پردازد. وی در دی ماه ۱۳۵۳ برای ششمین بار بازداشت می‌شود و به زندان کمیته مشترک ضد خراب کاری در تهران منتقل می‌شود. بنابر گفته وی، دشوارترین و سخت‌ترین دوران حبس همین دوران بوده‌است؛ ولی در ۲ شهریور ۱۳۵۴ از زندان آزاد می‌شود.[30]

پس از آزادی از زندان، به مشهد برگشت و بازهم همان برنامه ادامه داشت. البته دیگر امکان تشکیل کلاس‌های سابق را به او ندادند.[58]

در اواخر سال ۱۳۵۶، نیروهای امنیتی پهلوی وی را دستگیر و به مدت ۳ سال به ایرانشهر تبعید شد. در اواسط سال ۱۳۵۷ با اوج‌گیری مبارزات انقلاب ایران، از تبعیدگاه آزاد شده به مشهد بازگشت.[30] به سبب فعالیت‌های مبارزاتی و سیاسی در مسجد آل رسول ایرانشهر و رفت‌وآمد قشرهای مختلف به منزل وی شدیداً نیروهای امنیتی وی را تحت نظر داشتند. به دنبال کشتار مردم در ۱۹ فروردین ۱۳۵۷ در یزد، نامه‌ای در محکومیت این حرکت منتشر کرد که در سراسر کشور به صورت اعلامیه پخش شد.[30] در ۲۸ تیر ماه ۱۳۵۷ در پی اعتراض طلاب حوزه علمیه مشهد به تبعید سید علی خامنه‌ای، مأموران انتظامی این حرکت را سرکوب کردند.[30]

به نظر ولایتی در دائرةالمعارف، فعالیت‌های انقلابی و مردمی سید علی خامنه‌ای سبب آن شده بود که محل تبعید وی به جیرفت نقل مکان پیدا کند. وی در ۲۲ مرداد به جیرفت تبعید شده‌است. وی در جیرفت نیز به فعالیت خود بر ضد رژیم ادامه داد و سخنرانی‌هایی در مسجد جامع ایراد کرد از جمله سخنرانی که در پانزدهم شهریور ۱۳۵۷ صورت گرفت. وی علاوه بر نوشتن نامه به سید علی‌محمد دستغیب پیرامون حوادث کشور و مبارزه با رژیم پهلوی، راهکارهایی نیز ارائه می‌داد. وی در همین دوره برای فعالیت مبارزاتی علیه رژیم مخفیانه راهی کهنوج شد.[30]

در اول مهر ۱۳۵۷ از کهنوج راهی مشهد شد و روند ساماندهی امور انقلابی و مبارزه را ادامه داد. در هنگام اقامت سید روح‌الله خمینی در فرانسه، اقامت وی را عاملی برای پدید آمدن موجی از امید و تصمیم در دل مردم دانست و در نهایت خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی از فرانسه بود.[30]

هنگام اقامت در مشهد فعالیت مبارزاتی وی شدت بیشتری به خود گرفت و سخنرانی‌هایی افشاگرانه را ایراد می‌نمود. سید روح‌الله خمینی نیز با وی در ارتباط بود و خواستار ملاقات با وی و صدوقی شده بود. سید علی خامنه‌ای در سخنرانی که در ورزشگاه سعد آباد مشهد ایراد کرد خواستار بازگشت سید روح‌الله خمینی شد. به خاطر تشدید فعالیت‌های سیاسی در مشهد، قوچان، شیروان و بجنورد بار دیگر مأموران امنیتی وی را دستگیر کردند. از وی در اسناد ساواک به عنوان یکی از پرچمداران برجسته انقلاب در خراسان نام برده شده‌است. در خطبه شب عاشورا در حرم علی ابن موسی الرضا، بر خلاف سنت قبلی که دعایی برای محمد رضا پهلوی خوانده می‌شد وی خطبه را به نام سید روح‌الله خمینی خواند و تظاهرات روز عاشورا در مشهد را نیز سامان دهی کرد. وی همچنین از جمله افراد معترض و متحصن به حمله مأموران رژیم وقت به بیمارستان شاهرضای مشهد یا امام رضای کنونی بود. وی همچنین در تظاهراتی که برای همراه ساختن کارکنان استانداری خراسان در جلوی جمعیت حضور داشت و سعی کرد تا از کشتار مردم در ۱۰ دی ماه ۱۳۵۷ جلوگیری به عمل آورد. در ۲۲ دی ماه ۱۳۵۷ با فرمان سید روح‌الله خمینی به عنوان یکی از اعضای شورای انقلاب اسلامی انتخاب شد لذا مشهد را ترک کرد و راهی تهران شد. وی پس از استقرار در مدرسه رفاه در آغاز پیروزی انقلابی اسلامی ایران، مسئول کمیته تبلیغات برای استقبال از سید روح‌الله خمینی بود. وی همچنین در تحصن‌ها و نشر اعلامیه و قطعنامه‌هایی که علیه بسته شدن فرودگاه توسط بختیار، صادر شده بود، نقشی بسیار پر رنگ داشت. محل این تحصن‌ها عمدتاً دانشگاه تهران بود. وی پس از آن عمدتاً مسئول کمیته دفتر تبلیغات سید روح‌الله خمینی بود و انتشار نشریه‌ای به نام امام را بر عهده گرفت و در آن نیز مقالاتی نگاشت.[30]

پس از انقلاب ۱۳۵۷، سید روح‌الله خمینی در ۱۵ بهمن ۱۳۵۷ مهدی بازرگان را به نخست‌وزیری دولت موقت انتقالی برگزید. پس از تسخیر سفارت آمریکا در تهران در آبان ۱۳۵۸ دولت موقت استعفا کرد.[68]

با پذیرش این استعفا از آبان ۱۳۵۸ تا بهمن همان سال (روی‌هم‌رفته به مدت سه ماه) ادارهٔ کشور را به شورای انقلاب سپردند. در این سه ماه سید علی خامنه‌ای سرپرستی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی را برعهده داشت. او سپس برای کاندیداتوری در انتخابات اولین دوره مجلس شورای اسلامی استعفا داد.[69]

سیدعلی خامنه‌ای در سنگر در خلال جنگ ایران و عراق

تیتر روزنامه اطلاعات در ۱۳ مهر، بعد از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۶۰ - خامنه‌ای رئیس‌جمهور شد.

در اردیبهشت ۱۳۵۹ با کسب ۶۵٫۸۰ درصد از مجموع ۲٬۱۳۴٬۴۳۴ رای[70] بعد از فخرالدین حجازی، حسن حبیبی، مهدی بازرگان، علی اکبر معین فر، در حوزهٔ انتخابیهٔ تهران پنجم شد و به اولین دورهٔ مجلس شورای ملی پس از انقلاب راه یافت.[69]

در ضبط صوتی بزرگ که بر میز سخنرانی خامنه‌ای در مسجد ابوذر تهران بمب کار گذاشتند. به واسطه نوشته داخل ضبط صوت، رهروان فرقان که بازماندهٔ گروه فرقان بودند را عامل این بمب‌گذاری دانسته‌اند، این بمب ۶ تیر ۱۳۶۰ هنگام سخنرانی او منفجر شد. البته بمب کامل عمل نکرد. امام جمعهٔ تهران و نمایندهٔ خمینی در شورای‌عالی دفاع، از این سوءقصد که ممکن بود به مرگ وی بینجامد، جان سالم به در برد ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد. براساس اخبار منتشره در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.[71]

در سال ۱۳۶۰ خورشیدی

احمد قدیریان این ترور را کار جواد قدیری و سازمان مجاهدین خلق می‌داند. البته گزارش روزنامهٔ کیهان در شماره فردای ترور در داخل ضبط صوت نوشته شده‌بود: «هدیهٔ گروه فرقان». اعضای گروه فرقان پس از ترورهای سال ۱۳۵۸ دستگیر و اعدام شده‌بودند اما برخی از پیروان آن‌ها گروه رهروان فرقان را تأسیس کردند و قاسم اسلامی و سید علی خامنه‌ای را ترور کردند. ایرج مصداقی عاملان ترور را ایرج افشاری و اروج امیرخان‌زاده معرفی کرده‌است.[72] مرکز اسناد انقلاب اسلامی نیز این ترور را کار بازماندگان گروه فرقان می‌داند با این تفاوت که نام عامل اصلی را امیرمسعود تقی‌زاده می‌داند.[73][74]

پیش از درگذشت خمینی، حسینعلی منتظری برای جانشینی او برگزیده شده‌بود. در ۶ فروردین سال ۱۳۶۸ و همزمان با درگیری منتظری با نظام، روح‌الله خمینی وی را از این سمت عزل کرد و سپس وی نیز استعفا داد.[80] به گفته محمدرضا مهدوی کنی در کتاب خاطراتش، مسئلهٔ قائم مقامی رهبری در قانون اساسی پیش‌بینی نشده‌بود. اما به دلیل مریضی و سالخوردگی خمینی، مجلس خبرگان پیش‌دستی کرد و موضوع قائم مقامی رهبری را پیش‌بینی نمود تا اگر حادثه‌ای برای خمینی پیش بیاید کشور با خلأ روبه‌رو نشود.[81]

پس از مرگ روح‌الله خمینی، در ۱۵ خرداد ۱۳۶۸، مجلس خبرگان جلسه فوق‌العاده ای تشکیل داد. در این جلسه نخست با اکثریت مطلق آرا به استعفای حسینعلی منتظری رسمیت داده شد. سپس، در خصوص انتخاب یک مرجع تقلید بالفعل، که در آن زمان تنها گلپایگانی مطرح بود، بحث شد و توافق حاصل نگردید. نظر اکثریت آن بود که توان مدیریت سیاسی بر مرجعیت دینی اولویت دارد. قانون اساسی در آن زمان مرجعیت را از شرایط رهبری می‌دانست. خبرگان در این موضوع از شورای بازنگری قانون اساسی و استفساریه روح‌الله خمینی مبنی بر ضروری نبودن شرط مرجعیت پیروی کرد. در ادامه، موضوع شورای رهبری‌ای سه نفره مرکب از علی مشکینی و موسوی اردبیلی و سید علی خامنه‌ای برای جانشینی سید روح‌الله خمینی پیشنهاد شد، که نتوانست آرای کافی را بدست بیاورد. نهایتاً اغلب اعضا رأی به رهبری سید علی خامنه‌ای دادند، هرچند که خود وی صراحتاً مخالف بود و خود را شایسته این مقام نمی‌دانست.[82] سرانجام ۸۰٫۹ درصد حاضران در مجلس خبرگان که ۷۲ درصد کل اعضا را تشکیل می‌دادند، به رهبری سید علی خامنه‌ای رای دادند.[83] در این جلسه هم چنین هاشمی رفسنجانی پیش از رای‌گیری سخنرانی کرد و به تمجید از او پرداخت.[84]

در پی بازنگری قانون اساسی، در ۶ مرداد ۱۳۶۸ متن جدید از طریق همه‌پرسی به تصویب عمومی رسید و مرجعیت را از شروط رهبری حذف گردید. سپس، خبرگان رهبری مجدداً جلسه فوق‌العاده ای را در ۱۵ مرداد ماه آن سال تشکیل داد و با رأی موافق ۶۰ تن از ۶۴ تن از اعضای حاضر، رهبری سید علی خامنه‌ای را طبق قانون اساسی جدید مجدداً تصویب و تأیید کرد.[85][86]

• انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است.[87] وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت. بر اساس اصل صد و نهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری؛ ولی او عنوان مرجعیت را نداشت.[82] هاشمی رفسنجانی به نقل از خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.[88][89]

خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:

معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند.[90][91]

• در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است.[92]
• مهدی کروبی بعد از حادثه سرنگونی هواپیمای اوکراینی گفت: خامنه‌ای چه علت سرنگونی را می‌دانسته و به سران حکومت اجازه فریب داده و چه بی‌خبر بوده، در هر دو صورت شرایط رهبری را ندارد، چرا که او فرمانده کل قوا است و در این رابطه مسئولیت مستقیم دارد.[93][94][95]
• در ۷ تیر ۱۳۹۹ محمد موسوی خوئینی در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای اوضاع اقتصادی و غیرقابل دوام و وخامت مشکلات مردم و عمق بی‌اعتقادی و بی‌اعتمادی مردم را نشات گرفته از مدیریت در بالاترین سطح جمهوری اسلامی دانست.[96][97][98]

همایش اقتدار بسیج در ورزشگاه آزادی با حضور ده‌ها هزار نفر از بسیجیان تهران با سخنرانی سید علی خامنه‌ای در ۱۲ مهر ۱۳۹۷

اعتقاد به لزوم گسترش روابط دیپلماتیک با شرق و غرب دارد البته آمریکا را از این موضوع استثناء می‌کند.[99] به اعتقاد وی پس از جنگ جهانی دوم دنیا دو قطبی بود یعنی کمونیزم در مقابل سرمایه‌داری و با پیروزی انقلاب اسلامی ایران جهان سه قطبی شد چرا که ایران الگوی متفاوت از بلوک غرب و شرق مطرح می‌کرد و با فروپاشی شوروی دوباره جهان دو قطبی شده یعنی اسلام در مقابل جهان غرب و سرمایه‌داری، و به اعتقاد وی به همین دلیل غرب به مبارزه با جمهوری اسلامی ایران می‌پردازد چرا که وی الگوی قدرتمندی از یک قطب جدید در جهان ارائه می‌دهد.[100] بر اساس گفتارهای خامنه‌ای در جمع سفرا و نمایندگان ایرانی در جهان، کتابی با عنوان راهبرد سیاست خارجی، در سال ۱۳۹۰ منتشر شد، این کتاب حاوی دیدگاه‌های خامنه‌ای در زمینه دیپلماسی هم در دوران ریاست جمهوری و هم رهبری وی می‌باشد.[101]

برهم صالح که ۱۰ مهر ۱۳۹۷ دوره ریاست جمهوری وی در عراق شروع شد در ۲۶ آبان همان سال با سید علی خامنه‌ای در تهران دیدار کرد. در این دیدار رهبر ایران با اشاره به عزم ایران برای گسترش روابط با عراق افزود «عراقِ عزیز، قوی، مستقل و پیشرفته برای ایران بسیار مفید است و ما در کنار برادران عراقی خود خواهیم بود.» در این دیدار رئیس‌جمهور عراق نیز یادآور شد که «من با یک پیام آشکار به تهران آمده‌ام مبنی بر اینکه عوامل و عناصر پیونددهندهٔ دو ملت ایران و عراق، ریشه در تاریخ دارد و غیرقابل تغییر است.»[102]

نخست‌وزیر عراق عادل عبدالمهدی در ۱۷ فروردین ۱۳۹۸ با رهبر ایران دیدار کرد، در این دیدار خامنه‌ای تأکید کرد که روابط ایران و عراق فراتر از دو همسایه است، چرا که دولت و ملت ایران سعادت و پیشرفت عراق را به نفع خود می‌دانند. نخست‌وزیر عراق نیز تأکید کرد که روابط عراق با ایران روابط ویژه‌ای است و عراق هیچ‌گاه به تحریم‌های آمریکا علیه ایران نخواهد پیوست.[103]

سید علی خامنه‌ای در طی سال‌های ۱۳۹۳ تا ۱۳۹۴ نامه‌هایی را برای جوانان جهان غرب و به‌طور خاص جوانان اروپا و آمریکای شمالی فرستاد. خطاب به جوانان اروپا و آمریکای شمالی و عموم جوانان در کشورهای غربی سر تیتر نامه‌های وی بودند که به ۵۲ زبان دنیا ترجمه شد.[104][105][106]

برخی از منابع، بیت و دفتر وی را یک شبکه پیچیده و بلکه دولت پنهان (و اصلی) نظام جمهوری اسلامی ایران معرفی کرده‌اند.[107]

مراجع تقلیدی همچون: منتظری، فضل‌الله، اردبیلی، آذری قمی، مؤمن، طاهری و طاهر شمس مخالف مرجع خواندن سید علی خامنه‌ای بودند.

در آذر ۱۳۷۳ طاهری خرم‌آبادی و مؤمن قمی در هنگام انتخاب مرجعیت سید علی خامنه‌ای به اعتراض جلسهٔ جامعه را ترک کردند.[120][121]

سازمان عفو بین‌الملل در اطلاعیه‌ای، سخنرانی خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد ۱۳۸۸[122] که یک هفته بعد از انتخابات برگزار شد را «چراغ سبز رهبر ایران برای سرکوب» توصیف کرد. اعتراضات فردای آن روز با کشته شدن چند تن از معترضین همراه شد.[123][124]

دیری نپایید که اعتراضات متوجه خامنه‌ای شد و معترضان با سردادن شعارهایی، عملکرد وی را مورد اعتراض قرار دادند.[125]

او در پاسخ به درخواست موسوی اردبیلی، برای آزادی زندانیان سیاسی گفت:

شما در زمان امام راحل عظیم الشان، رئیس شورای عالی قضائی بودید و من رئیس‌جمهور. در آن زمان که متولی قوهٔ قضائیه شما بودید به دستور رهبر فقید انقلاب، مخالفان نظام اعدام می‌شدند. اکنون من دستور نداده‌ام مخالفان نظام را اعدام کنند، آن‌ها را فقط زندانی کرده‌اند، حالا شما به این هم اعتراض می‌کنید؟![126][127]

در پی حوادث سال ۸۸ دانشگاه اسلو او را در سال ۲۰۰۹ دیکتاتور سال شناخت.[128]

در سال ۱۳۹۰، اسنادی از دیدار نمایندگان مجلس و خامنه‌ای در سال ۱۳۸۸ منتشر شد که در آن دیدار، خامنه‌ای گفته بود قوهٔ قضاییه باید میان معترضان و آشوبگران تمایز قایل شود، اما این تمایز به معنی مصونیت معترضان نیست و آن‌ها نیز باید تاوان آنچه را که می‌گویند، بپردازند.[129]

محمود امجد، استاد اخلاق حوزه علمیه قم در ۱۶ آذر ۱۳۹۹ ضمن اظهار تاسف از اعدام روح‌الله زم و در واکنش به این جنایت، مسئول تمام جنایت‌ها و کشته‌شدگان از سال ۸۸ را سید علی خامنه‌ای دانسته و به او توصیه کرده تا دست از این استبداد بردارد.[130][131]

پس از انتخابات، چند تن از دستگیرشدگان از جمله فرزند عبدالحسین روح الامینی از وفاداران به سید علی خامنه‌ای در بازداشتگاه کهریزک، جان خود را از دست دادند که حتی ادعای شکنجهٔ زندانیان نیز شده‌است. پس از این ماجرا وی دستور تعطیلی بازداشتگاه را صادر کرد.[132]

در دومین حمله به کوی دانشگاه (حملهٔ نخست در زمان ریاست‌جمهوری سید محمد خاتمی روی داده‌بود)، متجاوزان با شعار حمایت از رهبر به ضرب و شتم دانشجویان پرداختند، که خامنه‌ای در نماز جمعهٔ ۲۹ خرداد این عمل را تقبیح کرد.[133] وی دستور به رسیدگی به وقایع کوی دانشگاه را صادر کرده‌بود.[134]

اعتراضات ۱۳۹۷ ایران مجموعه تظاهراتی است که از سه‌شنبه ۹ مرداد ۹۷ در بحبوحهٔ افزایش قیمت طلا و نیز رشد شتابان قیمت سکه و کاهش شدید ارزش ریال در برابر دلار شروع شد و از منطقه شاهپور جدید اصفهان و کرج به نقاط دیگری گسترش یافت. تظاهرات به سرعت فراگیر شد و از اصفهان و مناطق مختلف کرج به شیراز، رشت، تهران، قزوین، زنجان، ساری و در روز سوم به مشهد، نیشابور؛ کرمانشاه، همدان و قرچک نیز گسترش پیدا کرد و در روز چهارم اهواز و ارومیه و قم و تنکابن به تظاهرات پیوستند.

شعارهای اعتراضات مثل تظاهرات قبلی جنبه معیشتی و آزادی‌خواهانه داشت «مرگ بر گرانی»، «مرگ بر بیکاری»، «مرگ بر اصلاحات»، «روحانی حیا کن مملکتو رهاکن» جرو شعارها بودند. این اعتراضات وسیعترین اعتراضات پس از تظاهرات دی ۱۳۹۶ و تا پیش از اعتراضات سراسری ۱۳۹۸ در جمهوری اسلامی ایران بود.[135][136][137]

به گزارش رویترز در ۲۳ دسامبر ۲۰۱۹، سه منبع نزدیک به حلقه اطرافیان خامنه‌ای و یک مقام چهارم تأیید کردند که چند روز بعد از آغاز اعتراضات آبان‌ماه ۱۳۹۸ علی خامنه‌ای که از سوزاندن تصویر خود و مجسمه‌ای مربوط به روح‌الله خمینی، خشمگین بوده با صدای بلند از شیوهٔ برخورد مسئولان با ناآرامی‌ها انتقاد کرده[138][139] و به مقامات امنیتی ارشد و سایر مقامات دولتی گفت: «جمهوری اسلامی در خطر است. به هر شکلی شده به اعتراض‌ها پایان بدهید. دستور من این است.»[139][140][141][142]

در تظاهرات دی ۱۳۹۸ به‌دنبال پنهان‌کاری شلیک موشک و سقوط هواپیمایی اوکراینی توسط سپاه پاسداران، شعارهای بیشتری علیه شخص علی خامنه‌ای در دانشگاه‌های مختلف از جمله دانشگاه شریف، دانشگاه تهران، دانشگاه امیرکبیر شنیده می‌شد:[143][143][144][145][146][147][148][149][150][151]

«این همه سال جنایت، مرگ بر این ولایت»،[152] «ننگ ما، ننگ ما، رهبر الدنگ ما»،[153] «کشته ندادیم که سازش کنیم/رهبر قاتل رو ستایش کنیم»،[153] «توپ تانک فشفشه، رهبر باید گم بشه»،[153] «این ماه ماهِ آخره، سیدعلی وقت رفتنه»،[153] «دانشجو بیدار است/از سیدعلی بیزار است»،[153] «فرمانده کل قوا/استعفا، استعفا»،[153] «سلیمانی قاتله، رهبرش هم جائره»،[154] «مرگ بر خامنه‌ای»[154]

سید علی خامنه‌ای به‌عنوان فرمانده کل قوا از شلیک دو موشک نیروهای تحت امرش به هواپیمای اوکراینی و کشته‌شدن ۱۷۶ مسافر و خدمه این هواپیما عذرخواهی نکرد و تنها به یک تسلیت کفایت کرد و از فرماندهان سپاه به‌خاطر «توضیح به مردم» تشکر کرد و حمله به پایگاه هوایی عین الاسد را که هیچ نیروی آمریکایی‌ای در آن کشته نشد، مایهٔ مباهات و توانمندی جمهوری اسلامی نامید.[155]

وی معترضان به پنهان‌کاری دولت‌مردان و فرماندهان سپاه را فریب خوردهٔ رسانه‌های خارجی دانست و گفت که شرکت کنندگان در تشییع جنازهٔ قاسم سلیمانی مردم ایران هستند نه آن‌هایی که در اعتراضات به سقوط هواپیما عکس قاسم سلیمانی را پاره کرده‌اند و علیه او و سپاه شعار داده‌اند.[155]

رهبر ایران برای نخستین بار در تیر ۱۳۹۹ هنگام اوج‌گیری دوباره کرونا از ماسک استفاده کرد

هنگام دنیاگیری کروناویروس در ایران، خامنه‌ای در سخنرانی «درس خارج فقه» خود در ۴ اسفند ۱۳۹۸ هنگامی که به شیوع ویروس کرونا اشاره کرد، گفت این بیماری «بهانه خوبی» بود و بعد اظهار داشت که دشمن یا مخالفان انتخابات قصد داشتند با بهره‌برداری از این فرصت، مشارکت در انتخابات را کاهش دهند.[156][157] او در ادامه گفت مردم به‌ویژه مردم قم بدون توجه به این موارد، در انتخابات حضور پیدا کردند و این شهر «یکی از شلوغ‌ترین حوزه‌های رأی‌گیری بود».[157] البته برآوردها حاکی از مشارکت ۴۳ درصدی مردم قم بود[158] که نسبت به ده دوره پیشین انتخابات مجلس، در پایین‌ترین سطح قرار داشت.[159] به ادعای رادیو فردا، در این سخنرانی فاصله محل نشستن خامنه‌ای با طلبه‌هایی که در کلاس درس او شرکت می‌کنند، در مقایسه با سایر نشست‌های او، دو برابر حد معمول بود.[156] در واکنش به این خبر باشگاه خبرنگاران جوان با مقایسه تصاویر دوره‌های مختلف درس خارج فقه خامنه‌ای این ادعا را نادرست دانسته و نوشت که «بررسی تصاویر دوره‌های مختلف این جلسه نشان می‌دهد که سبک چینش این رویداد همواره به همین شکل است.»[160] وی در ۲۲ اسفند ۱۳۹۸ با اشاره به احتمال «حمله بیولوژیکی آمریکا» دستور داد نیروهای مسلح ایران قرارگاه کرونا ایجاد کنند.[161] خامنه‌ای بار دیگر این ادعا را در پیام زنده تلویزیونی خود در ۳ فروردین ۱۳۹۹ تکرار کرد و گفت: «گفته می‌شود که یک بخش برای ایران بالخصوص تولید شده‌است».[162] او همچنین با رد پیشنهاد کمک ایالات متحده گفت که «صحبت‌های آمریکایی‌ها جزو حرف‌های بسیار عجیب است زیرا اولاً خودشان دچار کمبود شدید دارو و تجهیزات پیشگیری از بیماری هستند و برخی مسئولان‌شان صراحتاً از این کمبودهای وحشت‌آور سخن به میان آورده‌اند، بنابراین آنها اگر امکاناتی دارند به مردم خودشان برسند».[163][162] وزارت خارجه ایران نیز در تأیید سخنان خامنه ای، پیوند وبگاه گمنام گلوبال ریسرچ را منتشر کرد و نوشت چنانچه اتهام وارده از سوی جهانیان به دولت آمریکا در خصوص ویروس کرونا تئوری‌های توطئه ساخته ایران است، جای دوری نروید فقط به بخشی از سوالات مندرج در گلوبال ریسرچ پاسخ دهید.[164]

خامنه‌ای همچنین اتهام احتمالی «تولید ویروس کرونا و درست‌کردن نسخه‌ای از آن مخصوص ایرانی‌ها» با استفادهٔ از آشنایی‌های ژنتیک ایرانی را علیه مقام‌های آمریکایی مطرح کرد و گفت به همین دلیل ایران برای مقابله با کرونا از آمریکا کمک نمی‌گیرد.[165][166] وی در قسمتی از سخنرانی خود با اشاره به آیه ۱۱۲ سوره انعام[167] گفت «هم دشمنان جنّی، هم دشمنان انسی وجود دارند و این‌ها به هم کمک هم می‌کنند؛ سیستم‌های اطّلاعاتیِ خیلی از کشورها علیه ما با همدیگر همکاری می‌کنند.»[168] به روایت رادیو زمانه رهبر ایران در این فراز از سخنانش به احتمال همکاری جن و انس در شیوع کرونا در ایران اشاره کرده‌است[169] در مقابل خبرگزاری تسنیم این روایت را تحریف سخنان علی خامنه‌ای برشمرده است.[170]

ده‌ها تن از متخصصان، استادان و کنش‌گران سیاسی و مدنی کشور، علی خامنه‌ای مسئول «فاجعه ملی» ناشی از گسترش ویروس کرونا دانستند؛ چون او بعنوان بالاترین و قدرتمندترین فرد حکومت «تصمیم نابخردانه» در رد کردن بعضی کمک‌های جهانی و اخراج پزشکان بدون مرز را توجیه نموده و از «نظریه مضحک» ترور بیولوژیک دفاع می‌کند.[171][172][173][174] ابوالفضل قدیانی نیز سید علی خامنه‌ای و ارگان‌های تحت فرمان او را مسبب اصلی شیوع وسیع کرونا دانسته که می‌خواهد با فریب و انحراف افکار عمومی و به خدمت گرفتن تئوری توطئه و جنگ بیولوژیک، ناکارآمدی و سوء مدیریت خود و ارگان‌های تحت فرمانش را تحت‌الشعاع قرار داده و لاپوشانی کند.[175][176][177]

به گزارش رادیو فرانسه در ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۹، سید علی خامنه‌ای در سال ۹۹ برای اولین بار در جلسه شعرخوانی که هر سال در ماه رمضان برگزار می‌شود به دلیل تهدید شرایط شیوع ویروس کرونا شرکت نمی‌کند. اما دولت روحانی خبر داد که نمازهای جمعه در مساجد در بیش از ۱۳۰ شهرستان برگزار می‌شوند. سید علی خامنه‌ای از ابتدای شروع شیوع ویروس کرونا از شرکت در کلیه تجمع‌ها و نشست‌های سیاسی و مذهبی خودداری کرده و پیام‌های خودش را برعکس تمامی رهبران جهان، از طریق کنفرانس‌های تصویری یا پیام‌های توئیتر داده‌است.[178]

در ۲۱ اردیبهشت سید علی خامنه‌ای در جلسه ستاد ملی مقابله با کرونا به‌صورت ویدئو کنفرانس دربارهٔ بازگشایی مساجد با اشاره به اهمیت شبکه بهداشت درمانی و نظر و تشخیص کارشناسی ستاد ملی مبارزه با کرونا، تأکید کرد که باید به عبادات در ماه رمضان و شب‌های قدر توجه داشت و کسانی در این باره تصمیم بگیرند که حقیقت و ضرورت دعا و توسل را درک کنند. در پی این ویدئو کنفرانس در ۲۲ اردیبهشت وزارت بهداشت اجازه بازگشایی مساجد را در بسیاری از استان‌ها برای شب‌های قدر در شرایطی که روند صعودی شیوع ویروس کرونا ادامه دارد، داد.[179][180][181][182][183]

در ۱۷ مهر و به دنبال افزایش وضعیت بحرانی کرونا در ایران، خامنه ای طی نامه‌ای به محمدحسین باقری رئیس ستاد کل نیروهای مسلح دستور داد که حداکثر ظرفیت همه مراکز درمانی و بیمارستان‌های نیروهای مسلح ایران، در اختیار بیماران مبتلا به کرونا قرار گیرد.[184][185]

علی خامنه‌ای در ۱۰ مرداد ۱۳۹۹ ضمن تأکید بر رعایت تصمیمات ستاد مبارزه با کرونا گفت، با «رعایت پروتکل‌ها» برگزاری عزاداری در شهرهای مختلف و از جمله در تهران بلامانع است. این در حالی است که بسیاری از کارشناسان گفته‌آند رعایت پروتکل‌ها و موازین بهداشتی ممکن نیست و خطر گسترش و گرفتن قربانیان بیشتر توسط ویروس کرونا (کووید ۱۹) وجود دارد.[186][187]

سید علی خامنه‌ای در شامگاه ۵ شهریور ۱۳۹۹ شب مراسم عزاداری محرم را، بدون حضور جمعیت و در سالن محل ملاقات‌های عمومی خودش، با حضور یک قاری قرآن و دو تن از نزدیکانش برگزار کرد.[188]

در ۱۹ دی ماه ۱۳۹۹، علی خامنه‌ای واردات واکسن کووید ۱۹ ساخت آمریکا و انگلیس را ممنوع اعلام کرد و گفت که به این واکسن‌ها اعتماد ندارد و حتی به فرانسه هم خوشبین نیست.[189][190][191] ساعاتی بعد جمعیت هلال‌احمر ایران ورود ۱۵۰ هزار دوز واکسن کرونای شرکت فایزر از آمریکا را منتفی نمود.[192] بسیاری از ایرانیان نسبت به این دستور واکنش نشان دادند که همراه با خشم، بُهت و ناباوری بود.[193][194] شبکه اجتماعی توییتر این سخنان را بخاطر «نشر اطلاعات غلط دربارهٔ واکسن کرونا» از حساب‌های کاربری خامنه‌ای در زبان‌های انگلیسی، عربی، اسپانیایی، روسی و فرانسوی حذف کرد.[195][196][197]

سازمان حقوق بشری عفو بین‌الملل فرمان علی خامنه‌ای مبنی ممنوعیت خرید واکسن «آمریکایی و انگیسی» را محکوم کرد و در بیانیه‌ای که منتشر کرد، اعلام کرد: «تصمیم رهبر جمهوری اسلامی ایران برای ممنوع کردن دسترسی میلیون‌ها نفر از مردم ایران به واکسن‌های حیاتی آمریکایی و انگلیسی کرونا نادیده انگاشتن حق حیات و حق سلامت است. علی خامنه‌ای در حال بازی با جان میلیون‌ها انسان است. مقام‌های ایرانی باید فوراً به این بی‌اعتنایی‌شرم‌آور به تعهدات حقوق بشری پایان دهند.»[198][199]

در تاریخ ۲۰ بهمن ۱۳۸۱ (۹ فوریهٔ سال ۲۰۰۳ میلادی) محمد خاتمی، رئیس‌جمهور وقت ایران، خبر از تهیهٔ سوخت هسته‌ای توسط متخصصین ایرانی برای نیروگاه‌های هسته‌ای ایران داد و در فروردین ۱۳۸۵ (آوریل سال ۲۰۰۶) محمود احمدی‌نژاد رئیس‌جمهور وقت ایران، اعلام کرد که ایران موفق به غنی‌سازی اورانیوم به میزان ۳٫۵ درصد شده‌است. در تاریخ ۲۶ بهمن ۱۳۹۰ (۱۵ فوریه ۲۰۱۲) ایران از ساخت میله سوخت هسته‌ای ۲۰ درصد غنی شده و بارگذاری آن در رآکتور تحقیقاتی ۵ مگا واتی تهران خبر داد.

دولت هشتم، با دستور سیدعلی خامنه‌ای، رهبر ایران، محمد خاتمی اعلام کرد غنی‌سازی اورانیوم را از سر می‌گیریم. وی تأکید کرد که توقف فعالیت‌های هسته‌ای اصفهان برای ما خسارات مالی و معنوی فراوانی به دنبال داشته‌است و باعث گردیده دانشمندان هسته‌ای ما فعالیت خود را متوقف کنند.[200]

با انتشار اخبار پیاپی از فعالیت‌های هسته‌ای در ایران و پس از دامنه‌دار شدن اختلافات میان ایران و نهادهای بین‌المللی نظیر شورای امنیت سازمان ملل متحد که منجر به صدور چندین قطعنامه علیه برنامه هسته‌ای ایران و غنی‌سازی گردید. تحریم‌های وسیعی علیه ایران از طرف سازمان ملل، آمریکا، اتحادیه اروپا و سایر کشورهای جهان علیه ایران اجرا گردید، و همچنین شخصیت‌های دخیل در برنامه هسته‌ای ایران مانند مسعود علی‌محمدی، مجید شهریاری، مصطفی احمدی روشن، داریوش رضایی‌نژاد، محسن فخری‌زاده و رضا قشقایی که راننده احمدی روشن بود، ترور شدند.[201]

در ۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۷، دونالد ترامپ رئیس‌جمهور ایالات متحدهٔ آمریکا رسماً اعلام کرد که ایالات متحده از برجام خارج خواهد شد. او، ایران را متهم به حمایت از حزب‌الله، طالبان، القاعده و سایر سازمان‌هایی که آن‌ها را تروریستی نامید کرد.[202] همچنین او بازگشت تحریم‌ها به مانند گذشته را اعلام کرد. او با استناد به مطالبی که قبلاً بنیامین نتانیاهو، نخست‌وزیر اسرائیل بیان کرده بود، ایران را متهم به عدم پایبندی به این توافق کرده و گفته ایران هرگز به برجام پایبند نبوده‌است.

بحران اقتصادی سال ۱۳۹۷–۱۳۹۹ ایران در ادامه بحران جهش نرخ ارز در ایران در سال ۱۳۹۷ نمایان شد و دولت دوازدهم در حال حاضر با این چالش مواجه است و مردم کشور نیز درگیر آن هستند.[203]

در پی تلاش آمریکا برای خروج از برجام، ایالات متحده در روز ۸ می ۲۰۱۸ (۱۸ اردیبهشت ۱۳۹۷) رسماً از برجام خارج شد و پس از آن به دنبال ترس از تحریم‌ها و فشارهای آمریکا، پنجاه شرکت خارجی از ایران خارج شدند.[204][205][206]در نهایت آمریکا روز ۵ نوامبر ۲۰۱۸ (دوشنبه ۱۴ آبان ۱۳۹۷) رسماً دور جدید تحریم‌های جمهوری اسلامی ایران را اعلام کرد،[207]

دیدار سید علی خامنه‌ای و بشار اسد

علی خامنه‌ای در سپتامبر ۲۰۱۱ به صراحت اعلام کرد که طرفدار دولت سوریه است. هنگامی که جنگ داخلی سوریه آغاز شد، گزارشات فزاینده ای در مورد حمایت نظامی ایران و آموزش نیروری نظامی ایرانی در سوریه وجود داشت.[208] ایران و سوریه متحدان استراتژیک نزدیکی هستند و ایران پشتیبانی قابل توجهی از دولت سوریه در جنگ داخلی سوریه می‌کند از جمله پشتیبانی لجستیکی، فنی و مالی و همچنین آموزش و برخی از ارسال نیروهای رزمی. ایران بقای دولت سوریه را برای منافع منطقه ای خود بسیار مهم می‌داند.[209][210]

سرویس‌های امنیتی و اطلاعاتی ایران (از جمله اطلاعات سپاه که زیر نظر مستقیم خامنه‌ای است) برای حفظ قدرت بشار اسد به ارتش سوریه مشاوره و کمک کردند.[209] این کمک‌ها شامل آموزش، پشتیبانی فنی و نیروهای رزمی است.[209][211] هزاران عامل ایرانی - تا پایان سال ۲۰۱۳ حدود ۱۰ هزار نفر[210] از طرف دولت در جنگ داخلی سوریه شرکت کرده‌اند. این افراد شامل نیروهای منظم و اعضای شبه نظامیان است. در سال ۲۰۱۸، تهران گفت که طی هفت سال گذشته ۲۱۰۰ سرباز ایرانی در سوریه و عراق کشته شده‌اند.[212] ایران همچنین مشارکت شبه نظامیان شیعه را از سراسر منطقه برای جنگ در سوریه، از جمله حزب‌الله لبنان ،لشکر فاطمیون، لشکر زینبیون، جنبش مقاومت اسلامی نجباء، کتائب سید الشهداء، حشد شعبی و کتائب حزب‌الله و سرایا المختار بحرین حمایت و تسهیل کرده‌است.[213][214][215][216][217][218][219][220][221]

حمایت‌های ایران با بالا گرفتن جنگ داخلی سوریه ابعاد گسترده‌تری یافت و از کمک‌های تسلیحاتی و آنچه مقام‌های ایران «کمک‌های مستشاری» و «حضور مستشاری» می‌خوانند به کمک‌های مالی و تجاری و ارسال جنگ‌افزارهای و پهباد رسید.[222][223][224][225]
سال ۲۰۱۶ استفان دی میستورا، فرستاده ویژه سازمان ملل در سوریه، گفت حکومت ایران سالانه دست‌کم ۶ میلیارد دلار[222] برای نگهداشتن حکومت بشار اسد در قدرت هزینه می‌کند در حالی که برخی از تحلیلگران این هزینه را بین ۱۵ تا ۲۰ میلیارد دلار[223] در سال ارزیابی کرده‌اند.

برخی از فرماندهان بلندپایه سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و ارتش جمهوری اسلامی ایران به دلیل دخالت در جنگ و کشتار گسترده شورشیان سوری و عراقی، نشان نظامی از دست رهبر و ولی فقیه ایران یعنی سید علی خامنه‌ای دریافت کردند.[226][227]

از گروه‌ها و نیروهای نیابتی جمهوری اسلامی ایران در مناطق فرامرزی، می‌توان به حزب‌الله لبنان، انصارالله یمن، طالبان افغانستان،[228][229][230] حماس فلسطین، لشکر فاطمیون، لشکر زینبیون، جنبش اسلامی نیجریه، شبیحه سوریه،[231] نیروهای دفاع ملی سوریه[232] اشاره داشت. این گروه‌ها جهت جنگ نیابتی و سرنگونی دولت‌های مورد هدف جمهوری اسلامی ایران است. این گروهک‌ها به پشتیبانی و نیابت از نیروی قدس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی در خاورمیانه می‌جنگند.

حزب‌الله لبنان با حمایت‌های جمهوری اسلامی ایران به سازمانی دارای کرسی‌هایی در دولت لبنان، رادیو و تلویزیون ماهواره ای (شبکه المنار)، برنامه‌هایی برای تبلیغ جایگاه اجتماعی و استقرار گسترده نظامیان در خارج از مرزهای لبنان تبدیل شد.[233][234][235]این سازمان را «دولت پنهان» نامیده‌اند.[236] ائتلاف ۱۴ مارس و ائتلاف ۸ مارس در مقابل حزب‌الله ایستادند. حزب‌الله پشتیبانی قاطعی را در بین جمعیت شیعیان لبنان حفظ کرده‌است،[237] در حالی که اهل سنت با دستور کار این گروه اختلاف نظر داشته‌اند.[238][239] پس از پایان اشغال اسرائیل در جنوب لبنان در سال ۲۰۰۰، قدرت نظامی آن رشد چشمگیری یافت،[240][241] به گونه ای که شاخه شبه نظامی آن قدرتمندتر از ارتش لبنان تلقی می‌شود.[242][243] حزب‌الله از ایران آموزش نظامی، اسلحه و حمایت مالی دریافت می‌کند و در سوریه از حمایت سیاسی برخوردار است.[244] حزب‌الله همچنین در جنگ ۲۰۰۶ لبنان علیه اسرائیل جنگید.

سید حسن نصرالله، دبیرکل حزب‌الله لبنان در اولین سالگرد جنگ اسرائیل و حزب‌الله لبنان، در مصاحبه اختصاصی با صدا و سیمای جمهوری اسلامی اعلام کرد که در طول جنگ از «سرپرست و رهبرش»، علی خامنه‌ای «رهنمود و راهنمایی» دریافت می‌کرده‌است.[245]

حزب‌الله یکی از مبارزان اصلی در جنگ داخلی سوریه بوده و به تضمین بقای دولت اسد مورد حمایت ایران کمک کرده‌است. پشتیبانی فعال و استقرار نیروها از سال ۲۰۱۲ آغاز شد و پس از آن به‌طور مداوم افزایش یافت.[246] حزب‌الله چندین هزار جنگجو در سوریه مستقر کرد و تا سال ۲۰۱۵ تاکنون ۱۵۰۰ جنگنده را در جنگ از دست داد.[247] حزب‌الله همچنین برای جلوگیری از نفوذ شورشیان از سوریه به لبنان بسیار فعال بوده‌است، زیرا یکی از فعال‌ترین نیروهای درگیر جنگ داخلی سوریه در لبنان است. گفته می‌شود تا مارس ۲۰۱۹، ۶۷۷ مبارز حزب‌الله لبنان در سوریه کشته شده‌اند.[248]

در ۱۳ تیر ۱۳۹۸ اخباری مبتنی بر توقیف نفت‌کش «گریس ۱» در منطقه جبل الطارق توسط نیروی دریایی انگلستان منتشر شد. خبر نشان می‌داد این نفت‌کش متعلق به یک شرکت روسی است که نفت ایران را حمل می‌کرده‌است. طبق ادعای انگلستان این نفت‌کش قصد داشته دو میلیون بشکه از نفت ایران را به پالایشگاه‌های سوریه برساند. این توقیف مورد اعتراض دولت روحانی قرار گرفت.[249] در ۲۸ تیر ۱۳۹۸، یک فروند نفتکش انگلیسی با نام "stena impero" هنگام عبور از تنگه هرمز به علت رعایت نکردن قوانین و مقررات بین‌المللی دریایی بنا به درخواست سازمان بنادر و دریانوردی استان هرمزگان، توسط یگان شناوری منطقه یکم نیروی دریایی سپاه توقیف شد. به فاصله زمانی کوتاهی دومین نفتکش انگلیسی نیز توسط ایران توقیف شد.[250] اتفاقات مذکور، تنش فی‌مابین ایران و انگلستان را افزایش داده، زمینه برخی نگرانی‌ها را در این رابطه فراهم نمود.

حمله به تأسیسات نفتی آرامکو، حمله‌ای بود که در ۱۴ سپتامبر ۲۰۱۹ تأسیسات تولید نفت آرامکو سعودی در بقیق و خریص در شرق عربستان سعودی را هدف قرار داد. جنبش انصارالله یمن مسئولیت این حمله را بر عهده گرفت و آن را حمله‌ای پهپادی نامید. از سویی ایالات متحده، جمهوری اسلامی ایران را مسئول این حملات قلمداد نمود که ایران این اتهام را رد کرد. سخنگوی نیروی هوایی ارتش یمن نیز اظهارات دربارهٔ مداخله ایران یا عراق در این حمله را قویا رد کرد.[251]

خبرگزاری رویترز در ۲۵ نوامبر ۲۰۱۹ در گزارشی نوشت: چهار ماه پیش از حمله به آرامکو، مقامات امنیتی ایران در یک مجتمع بسیار امنیتی در تهران جمع شدند. این گروه شامل برجسته‌ترین سران سپاه پاسداران انقلاب اسلامی و شاخه‌ای از نخبگان ارتش ایران بوده که بخشی از اشتغال آن‌ها در حوزه توسعه برنامه موشکی و عملیات مخفی است (یحیی رحیم صفوی و نماینده ای از سوی قاسم سلیمانی از جمله این افراد هستند). در این جلسه سرلشکر حسین سلامی، فرمانده سپاه پاسداران در ابتدا گفت: «زمان آن است که شمشیرها را از نیام بیرون بکشیم و به آمریکاییها بخاطر خروج از برجام درس عبرت دهیم.» از جمله اهداف احتمالی که در ابتدا مورد بحث قرار گرفت بندری در عربستان، یک فرودگاه و پایگاه‌های نظامی آمریکا بودند. در نهایت از طرح‌های تقابل مستقیم صرفنظر شد چرا که می‌توانست واکنش ایالات متحده را در پی داشته باشد. از این رو جمهوری اسلامی تصمیم گرفت تا به تأسیسات نفتی عربستان حمله کند، چراکه هم متحد آمریکاست و هم برد رسانه‌ای و خسارات اقتصادی زیادی بهمراه دارد. به ادعای رویترز در یکی از این جلسات که در منزل آیت الله خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی تشکیل شد، خامنه‌ای موافقت خود را با این حمله اعلام کرد اما تحت این شرط سخت، که «نیروهای ایرانی هیچ فرد غیرنظامی یا آمریکایی را هدف قرار ندهند.» بااینحال رویترز می‌نویسد این موضوع را نمی‌تواند تأیید کند. بر اساس این گزارش حملات پهپادی و موشکی از پایگاهی در اهواز انجام شده و برای پنهان کردن نقش ایران، مسیر پهپادها و موشک‌ها به سمت آسمان عراق و کویت تغییر داده شد تا به سمت عربستان رهسپار شوند. در نهایت هم گزارش موفقیت حمله به رهبری ارائه شده‌است.[252]

در ساعات اولیهٔ ۱۳ دی ۱۳۹۸، قاسم سلیمانی، فرماندهٔ نیروی قدس سپاه پاسداران انقلاب اسلامی همراه با نه تن دیگر از اعضای سپاه قدس و حشد الشعبی در حمله هوایی ایالات متحده به فرودگاه بین‌المللی بغداد کشته شدند. ترور قاسم سلیمانی، خیلی سریع به ترند خبرگزاری‌های بین‌المللی تبدیل شد و زمینهٔ نگرانیهای بین‌المللی دربارهٔ افزایش تنشهای فی‌مابین ایران و ایالات متحده را فراهم ساخت. وزارت امور خارجه ایالات متحده آمریکا دلیل این حمله را انتقام از کشته شده‌های خود و جلوگیری از هدف قرار دادن نیروهای آمریکایی توسط قاسم سلیمانی اعلام کرد.[253]

علی خامنه‌ای، در پیام خود گفت «راه او متوقف و بسته نخواهد شد» و عوامل کشتن قاسم سلیمانی را تهدید به «انتقام سخت» کرد.[254][255]

در ۱۷ دی ۱۳۹۸ مجلس ایران همهٔ اعضای وزارت دفاع ایالات متحده و شرکت‌ها و مؤسسات وابسته آن را «تروریست» اعلام کرد و بودجهٔ جاری سپاه قدس را ۲۰۰ میلیون یورو افزایش داد. به گفتهٔ رئیس مجلس، علی خامنه‌ای اجازهٔ برداشت ۲۰۰ میلیون یورویی از صندوق توسعه ملی ایران را داده‌است.[256]

در ساعات اولیه ۱۸ دی ۱۳۹۸ ایران عملیاتی با نام «شهید سلیمانی» با پرتاب ده‌ها موشک بالستیک از کرمانشاه به سمت پایگاه عین‌الاسد آمریکا در استان انبار عراق آغاز نمود. جمهوری اسلامی ایران با این حمله به عملی نمودن تهدیدهای خود مبنی بر انتقام خون قاسم سلیمانی اقدام کرد.[257][258]

حادثهٔ نطنز انفجار یا آتش‌سوزی بود که پنج‌شنبه ۱۲ تیر ۱۳۹۹ (به وقت محلی در ساعت یک شب) در تأسیسات هسته‌ای نطنز رخ داد.[259][260] به نوشته روزنامه نیویورک تایمز، این رخداد برنامه هسته‌ای ایران را تا دو سال با تأخیر مواجه می‌کند.[261][262] بسیاری از مسئولان جمهوری اسلامی این انفجار را کار اسرائیل دانستند.[263][264]

در روز ۱۵ دی ۱۳۹۹، نیروی دریایی سپاه پاسداران یک نفتکش متعلق به کره جنوبی (HANKUK CHEMI) و خدمه آن را توقیف کرد. جمهوری اسلامی علت توقیف را «آلودگی زیست‌محیطی» خواند و خواستار پرداخت غرامت توسط کره جنوبی شد. این توقیف در آستانه سفر معاون وزارت خارجه کره جنوبی به ایران جهت مذاکره برای آزادسازی ۸ میلیار دلار پول ایران در بانک‌های کره بود که بخاطر تحریم‌های آمریکا، کره جنوبی اجازه انتقال پول به ایران را ندارد. پس از توقیف کره جنوبی یک یگان مقابله با دزدی دریایی فرستاد تا با ائتلافی به رهبری آمریکا مشارکت کند.[265][266] ایالات متحده این توقیف را «تلاش آشکار آن برای اخاذی از جامعه بین‌المللی در راستای کاهش فشار تحریم‌ها» نامید و گفت که این عمل «حقوق و آزادی تردد دریایی در خلیج فارس را تهدید می‌کند.»[267] آمریکا به همراه کره جنوبی خواستار آزادی فوری کشتی و خدمه آن شد.[268]

کره جنوبی از مشتریان ثابت نفت ایران بود ولی بعد از اعمال تحریم علیه صنعت انرژی و بانکدارای ایران در سال ۲۰۱۹ پول ایران در بانک‌های کره جنوبی مسدود شد.[269] برخی رسانه‌ها معتقدند این عمل بخاطر فشار بر کره جنوبی جهت انتقال این پول‌ها به ایران است و «محیط زیست» فقط یک بهانه است.[270][271]

وزارت دفاع کره جنوبی اعلام کرد که یک ناوشکن نیروی دریایی به اسم چو یئونگ را به خلیج فارس فرستاده‌است. این ناوشکن برای یک مأموریت علیه دزدان دریایی در منطقه اعزام شده‌است.[272]

غلامرضا مصباحی‌مقدم عضو مجمع تشخیص مصلحت نظام اعلام کرد که سند همکاری ۲۵ ساله با چین قبل از تحریم‌ها و زمانی شکل گرفته‌است که رهبر جمهوری اسلامی پیام خاصی و فرد خاصی را به چین فرستاد و با رئیس‌جمهوری چین گفتگو کرد و تا پیش از این، عزمی در رفتار دولت روحانی در رابطه با روسیه و چین وجود نداشته‌است.[273] به علاوه، در پشت صحنه کوتاهی یک برنامه تلویزیونی ایران، مجیدرضا حریری رئیس اتاق بازرگانی ایران و چین می‌گوید که «ما پیام نظام را به چینی‌ها دادیم نه پیام دولت». به گفته وی «آنها می‌دانند که دولت کاره‌ای نیست». او همچنین در این برنامه می‌گوید که «علی لاریجانی با پیام کتبی علی خامنه‌ای به چین رفته‌است» و «رهبری علی لاریجانی و حسین آقامحمدی مشاور اقتصادی‌اش را به چین فرستاد تا پیام نظام برای بازسازی روابط اقتصادی را ببرند». وی همچنین افزود که «کلمه به کلمه مذاکرات با رهبر «چک» می‌شده».[274]

پنج شنبه ۹ مرداد ۱۳۹۹ منصور حقیقت‌پور، مشاور علی لاریجانی، در روزنامه شرق اظهار کرد او مدنظر علی خامنه ای برای پیگیری این قرارداد مهم بوده تا مناسبات ایران و چین در این قرار داد مدیریت شود و در نتیجه یک سند «اجرایی و عملیاتی» پدید آید. مشاور او اضافه کرد خامنه ای به علی لاریجانی اعتماد بالایی داشته و «نقش ویژه‌ای» را در ایجاد این توافق بازی می‌کرده‌است.[275][276] در مهر ۹۹، محمود واعظی، تأیید کرد که علی لاریجانی «مسئول پیگیری سند همکاری راهبردی ایران و چین است.».[277]

در اسفند ۱۳۵۹، هنگامی که بیش از ۱۰۰ هزار نفر برای گرامی داشت درگذشت مصدق و درخواست تشکیل جمهوری دموکراتیک به جای جمهوری اسلامی در دانشگاه تهران گردهم آمدند، سیدعلی خامنه‌ای به شکل تهدید آمیز گفت: «ما مثل آلنده و مصدق لیبرال نیستیم که C.I.A بتواند «ما را» سرکوب کند.»[286]

سرژ میشل و پائولو وودز بر این باورند که سخنرانی‌های سید علی خامنه‌ای مجموعه‌ای است از «تهدیدها و شعارهای تو خالی» که با اعتقاد بر تئوری توطئه و روحیهٔ شدید ضد آمریکایی همراه است، او همه جا «دسیسهٔ دشمنان» را می‌بیند و قدرت‌های خارجی را «مستکبر»، «شیطانی»، «آزمند»، «منفور»، «واپس‌گرا»، «برتری‌طلب»، «سرطانی»، «ستمکار»، «زهرآگین» و «تجسم شیطان» توصیف می‌کند. این صفات هم به دولت‌های غربی و هم به سرویس‌های اطلاعاتی‌شان سیا، موساد، اینتلیجنت سرویس، اطلاق می‌شود.[287]

خامنه‌ای معتقد است که توهم توطئه، خود یک توطئه است.[288] به عقیدهٔ خامنه‌ای انکار دشمنی‌های آشکار آمریکا با نظام و ملت ایران، توطئه‌ای است برای کاهش حساسیت‌ها در مقابل شیطان بزرگ.[289] وی در خصوص مذاکره با آمریکا می‌گوید که بر اساس تجربه، ایالات متحده با استفاده از قدرت رسانه ای، اقتصادی و نظامی اش، کشور طرف مذاکره را وادار به پذیرش مطالبات این کشور می‌کند و در شرایطی که مطالبات خود را نقد می‌گیرد، در برابر وعده‌هایی زیبا می‌دهد که عمدتاً در عمل محقق نمی‌شود؛ بنابراین، تا زمانی که کشور تا حدی قوی نشده که در برابر فشارهای آمریکا حین مذاکرات، یارای مقاومت داشته باشد، مذاکره با آمریکا ممنوع است.[290]

سید علی خامنه‌ای، رهبر کنونی نظام جمهوری اسلامی ایران، معتقد است:

اختیارات ولی فقیه در صورت تعارض با اراده و اختیار مردم، بر اختیارات و تصمیمات مردم، مقدم و حاکم است.[291][292]

او عقیده دارد در نظام «ولایت مطلقه فقیه» ولی فقیه همان حاکم اسلامی است و حکومتش تا قیامت ادامه پیدا می‌کند.[293]

از نظر او این حکومت و حاکمیت نه تنها اختیاری نیست،[293] بلکه تحت عناوینی چون «مصلحت»، «حفاظت امت از دشمنان» و «اجرای حکم اسلام» گریز و چاره‌ای از آن نیست. او همچنین اعتقاد دارد دایرهٔ این حاکمیت می‌تواند تا آزادی شخصی افراد پیش برود. خامنه‌ای همچنین از «واجب بودن» اقدام علیه خواسته و صلاحدید مردم، در شرایطی که آن را مخالف با آنچه که او «مصالح عمومی اسلام و مسلمین» می‌نامد، سخن به میان می‌آورد و حتی بیان می‌دارد که این تشخیص مصالح بر دوش حاکم مسلمین یا همان «ولی فقیه» است:[293]

همچنین بر حاکم مسلمین پس از عهده‌دار گردیدن وظیفه مهم رهبری واجب است، که عنداللزوم دست به اقدامات مناسب بزند و باید خواسته و صلاحدید حاکم مسلمین در مواردی که به مصالح عامه اسلام و مسلمین مربوط می‌شود، برخاسته و صلاحدید عامه مردم، مقدم گردد.

او معتقد است «ولایت مطلقه فقیه یعنی انعطاف‌پذیری دستگاه ولایت» بدین معنی که مجموعه دستگاه‌هایی که رهبری در رأس آنها قرار دارد به‌طور دائم با انتخاب آنچه درست‌تر و کامل‌تر است، خود را به‌طور مدام متحول کنند.[294] او به تناقض ذاتی در فهم «دشمنان» از مفهوم ولایت فقیه اشاره داشته و گفته‌است که «آنها می‌گویند ولایت فقیه یعنی عمل کردن به فهم فقیه عادل، درحالی‌که فقیهی که عادل است نمی‌تواند به میل خود عمل کند».[294] ولی نظر سید علی خامنه‌ای در این زمینه در تناقض با نظرات حسینعلی منتظری است.[294] به گفته حسن فیروزآبادی، خامنه‌ای در زمستان ۱۳۹۱ از مسوولان حکومتی جهت عمل نکردن به سخنان او گلایه کرد.[295]

در سال ۲۰۰۰ کمیتهٔ حمایت از روزنامه‌نگاران، وی را جزو ۱۰ دشمن آزادی بیان قرار داد.[296] در اوایل کار مجلس ششم، وقتی طرح اصلاح قانون مطبوعات، تهیه شده‌بود تا در جلسهٔ علنی مجلس مطرح شود، خامنه‌ای با حکم حکومتی خود، دستور داد این طرح مسکوت گذاشته شود.[297] این طرح در مجلس پنجم تصویب شده‌بود.[298]

تاکنون روزنامه‌نگاران بسیاری به دلیل انتقاد از او یا سازمان‌های زیر نظر او دستگیرشده و به زندان افتاده‌اند.[299][300][301] مانند احمد زیدآبادی، عبدالله نوری، محمد نوری زاد، عیسی سحرخیز، محسن سازگارا و اکبر گنجی اشاره کرد.[302]

خامنه‌ای تا کنون چندین بار در زمینه چگونگی رهبری و اداره کشور مورد انتقاد قرار گرفته‌است. به نوشته جلال کیهان منش، اغلب مخالفان وی در ایران را دستگاه‌های اطلاعاتی دستگیر، زندانی، محصور، یا حذف می‌کنند.[303] بعضی مخالفانی که در دوره خمینی دستگیر و به زندان افتاده بودند نیز در دوره خامنه‌ای به حصر انداخته شدند؛ از جمله آن‌ها نورالدین کیانوری، رهبر حزب توده ایران، بود که در نامه‌ای به خامنه‌ای پس از رسیدن او به قدرت در نامه‌ای به شرح شکنجه‌های زندان بر خودش، خانواده‌اش، و اعضای حزب توده پرداخت. او به همراه همسرش مریم فیروز پس از اعتراف اجباری در زیر شکنجه به «خانه امن» منتقل و تا هنگام مرگ در آنجا نگاه داشته شدند.[304]

پس از درگذشت خمینی و در پی انتشار فهرستی از سوی حوزه علمیه قم که در آن نام مراجع تقلید آورده شده بود، خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید معرفی شد. چنین چیزی واکنش تعدادی از مراجع تقلید را دربرداشت. آن‌ها بر این باور بودند که خامنه‌ای درجه مرجعیت ندارد. در سال ۱۳۷۶ و چند ماه پس از انتخابات دوم خرداد، حسینعلی منتظری که یکی از استادان او بود، در یک سخنرانی به شدت از خامنه‌ای انتقاد کرد و گفت:

آقای خامنه‌ای شما که در شان و حد مرجعیت نیستید… محمد مؤمن (عضو شورای نگهبان) به من گفت یکی از این آقایان (نماینده سیدعلی خامنه‌ای در دفتر استفتائات) می‌رود در دفتر ایشان در قم می‌نشیند و مسائل را مطابق نظر آقای خامنه‌ای جواب می‌دهد به ایشان گفتم ایشان که رساله ندارد، شما چگونه فتوا را بر طبق نظر ایشان جواب می‌دهید؟ گفت ما روی تحریر امام [خمینی] جواب می‌دهیم! گفتم مردم آخر مسئله ایشان را می‌خواهند، گفت: می‌گویند ایشان فتوایش مثل فتوای امام است، ما روی تحریر امام جواب می‌دهیم! خوب این معنایش مبتذل کردن مرجعیت شیعه نیست؟[303]

این سخنرانی (معروف به سخنرانی ۱۳ رجب) حصر منتظری را در پی داشت. این حصر برای شش سال ادامه یافت تا آنکه سرانجام در اواسط دوره دوم دولت اصلاحات در آن بازنگری شد. در رسانه‌های رسمی ایران برای سال‌ها از منتظری به بدی یاد می‌شد و او را «ساده‌لوح» و عامل غرب و ضدانقلاب می‌نامیدند. حسینعلی منتظری تا هنگام مرگ در آذر سال ۱۳۸۸ منتقد رهبری سید علی خامنه‌ای باقی ماند و در سخنرانی‌هایش درخواست انتخابات آزاد، واگذاری قدرت و اجازه انتقاد از او داشت.[305]

پس از انتخابات جنجال‌برانگیز ۱۳۸۸ در ایران، انتقاد از روش رهبری خامنه‌ای بالاتر گرفت. کسانی چون محمد نوری‌زاد و مهدی خزعلی از جمله کسانی بودند که با نوشتن نامه‌های انتقادی از او، روش برخورد نیروهای زیر فرمانش را در برخورد و کشتن معترضان به انتخابات زیر سؤال بردند. پاسخ حکومت به این افراد دستگیری و شکنجه آن‌ها بوده‌است؛ به گونه‌ای که نیروهای اطلاعاتی نوری‌زاد و خزعلی را بارها دستگیر و مورد ضرب و شتم قرار دادند.[306] در یکی از واپسین نامه‌های خود به خامنه‌ای، نوری‌زاد او را به دلیل کارنامه سیاسی اش به عدم کفایت سیاسی و توانایی رهبری کشور متهم کرد.[307]

سید علی خامنه‌ای، پیرامون علاقه به ایران بر این باور است که به جای تأکید بر ایران قبل اسلام، باید بر ایران بعد از اسلام تأکید شود، زیرا به عقیدهٔ او، افتخارات ایران بعد از اسلام در هیچ دوره‌ای از تاریخ ایران وجود نداشته‌است.[308] او همچنین بیان کرده که پیشرفت‌های حکومت‌های دیلمی، سلجوقی و صفوی با پیشرفت‌های ایران قبل اسلام، قابل مقایسه نیست.[309]

خامنه‌ای شعر احمد شاملو می‌خواند - بازدید از نمایشگاه کتاب تهران، ۱۳۹۸

وی به شعر و ادبیات فارسی و روسی علاقه‌مند است. میخاییل شولوخف و الکسی تولستوی از نویسندگان مورد توجه وی هستند.[310] به‌آذین و ابوالحسن نجفی نیز از مترجمانی هستند که او به کارشان علاقه نشان داده‌است. وی سعی داشته همه ساله گپ و گفتی دوستانه با شاعران داشته باشد، برگزاری شب شعرهای نیمه رمضان که خامنه‌ای برگزار می‌کند، تبدیل به یکی از آیین‌های فرهنگی حکومت شده‌است که احتمالاً حاکی از علاقه وی به شعر و ادبیات است.[310] ولی برخی برگزاری این جلسات را فرایندی دستوری و یک‌طرفه می‌دانند که به موجب آن قرار است شاعران، مجری اوامر بخشنامه‌ای وی باشند.[310] گاهی در این جلسات شاعرانی از تاجیکستان، هند و افغانستان نیز حضور یافته‌اند.[310]

او از نوجوانی کتاب‌های مختلف و رمانهای ایرانی و خارجی بسیاری مطالعه کرده‌است.[311] و نگاه بسیار حرفه‌ای به رمان دارد.[312][313]

او در هنگامی که در شهر مشهد، حضور داشته در انجمن‌های ادبی حاضر می‌شده و اشعاری نیز دارد. تخلص وی در اشعارش «امین» است.[30]

او اعتقاد دارد انقلاب، با آثار سینمایی و رمان به دنیا شناسانده می‌شود: «انقلاب بدون رمان نمی‌شود. انقلاب روسیه و انقلاب فرانسه با رمان‌هایشان معرفی شدند. یا بدون فیلم خوب نمی‌شود.»[314]

معیارهای خامنه‌ای در مورد حلال یا حرام بودن موسیقی معیارهایی متغیر و مبهم است.[315] خامنه‌ای همچون خمینی و منتظری تشخیص حلال یا حرام بودن موسیقی را موکول به نظر عرفی مکلف نموده‌است. عرف عام دربارهٔ موسیقی معیاری مبهم و متغیر است. چون تأثیر یک قطعه موسیقی بر شنوندگان مختلف و حتی بر شنونده واحد همیشه ثابت و یک دست نیست.[315] وی، به تبعیت از اکثر فقهای شیعه، سازها را نیز بدون ارائه معیار طبقه‌بندی، به دو نوع «آلات مختص حرام» و «آلات مشترک» تقسیم کرده که این‌گونه تفکیک نیز ناممکن است چون آنچه محتوا و شکل و در نتیجه، تأثیر یک اثر موسیقایی را تعیین می‌کند، آهنگسازان و نوازندگان هستند و نه سازها.[315]

خامنه‌ای در سخنرانی‌های خود به مناسبت‌های گوناگون دیدگاه خود دربارهٔ زنان و نقش آنان را در جامعه بیان کرده‌است. این دیدارها گاه به مناسبت روز زن در ایران بوده‌اند و گاه با فعالان زن در جهان عرب. دولت ایران اغلب به تبلیغ دیدگاه‌های او دربارهٔ زنان می‌پردازد و بسیج ایران نیز برپایه این دیدگاه‌ها منشوری تهیه کرده‌است تا به تبیین «زن مسلمان طراز انقلاب اسلامی» بپردازد.[316]

در ژوئیه ۱۹۹۷، او اندیشهٔ مشارکت برابر زنان در جامعه را منفی و ابتدایی و کودکانه خواند.[317] به باور وی، حضور زنان در پست‌های اجرایی کشور مایه افتخار نیست و نوعی انفعال در برابر گفتمان غربی به‌شمار می‌رود.[318] او همچنین «خانه‌داری» و «فرزندآوری» را مجاهدت و هنر زنان دانسته‌است.[319]

ارزش راستین زن با این سنجیده می‌شود که او چه میزان محیط خانواده را برای همسر و فرزندانش همانند بهشت می‌کند.[317]

همزمان با رهبری سید علی خامنه‌ای، سیاست‌های محدودیتی برای زنان ایران دنبال شد. این شامل جلوگیری از سفر به خارج زنان بی‌اجازه «ولی» (که اغلب شوهر یا پدر می‌باشد) و جداسازی جنسیتی می‌شود.[317] سرکوب زنان از راه کنترل پوشش را هر سال گشت‌های ارشاد اعمال می‌کند و زنان ناچار به بر سر گذاشتن حجاب می‌شوند. سرپیچی از این قانون اغلب دستگیری و جریمه نقدی به همراه دارد.[320] در ژوئن ۱۹۹۸، سید علی خامنه‌ای دستور به «سرکوب رفتارهای سرکشانه زنان» داد و تا میانه اوت همان سال، ۱۸۰۰ زن و مرد به دلیل آنچه «پوشش نامناسب و رفتار هرزه» خوانده شد توسط پلیس دستگیر شدند. این دوره همچنین شاهد سرکوب روزنامه‌نگاران زن و روزنامه‌ها و مجلات ویژهٔ زنان همچون مجله زنان بود.[317]

او در خطبه‌های نماز عید فطر سال ۱۳۹۷ شمسی، در انتقاد از سفرهای خارجی مردم گفت:[321]

کسانی که عادت کرده‌اند به سفرهای خارجی بروند، این سفرها را ترک کنند البته غیر از سفرهای زیارتی و حج و عتبات که مورد نظر نیست و این قدر خرج و هزینه هم ندارد و برکاتی هم دارد اما سفرهای تفریحی زائد را کنار بگذارند.

بنا بر ادعای ابوالحسن بنی‌صدر که در آن زمان فرماندهی کل قوا را بر عهده داشته‌است، خامنه‌ای در جریان جنگ ایران و عراق و در نبرد کرخه کور در جبهه جنگ حضور یافته ولیکن فرار وی از منطقه عملیاتی موجب تضعیف روحیه و فرار سربازان شده‌است.[322] خود خامنه‌ای در جلسه مجلس شورای اسلامی می‌گوید: «شانزدهم [دی ماه] هم تا حدود ساعت سه تا سه و نیم بعد از ظهر من بودم که آقای بنی صدر هم بود و نیروهای ما به تدریج شروع کردند به ضربت خوردن؛ یعنی نیروهای عراقی، نیروی کمکی بزرگی به کمکشان آمد و نیروهای ما را از پهلو مورد هدف قرار دادند که این برای ما قابل محاسبه نبود، و محاسبه نشده بود برای نیروهای ما و دستگاه اطلاعاتی ما، این بود، که نیروهای ما شروع کردند به عقب‌نشینی کردن… و همه آن ساعت بینی و بین الله تلاش می‌کردند، یعنی من آن کسانی را که مسئولان سطح بالا هستند، نظامی یا غیرنظامی نیافتم که تلاش نکنند. البته در آن ساعت که من آمدم آقای بنی صدر نبود. یا غذا می‌خورد یا نماز می‌خواند یا خوابیده بود، به هر حال نبود. یکی دو ساعتی، لکن بعد که آمدیم، ایشان بوده آنجا حدود چند ساعت هم آنجا بود و نیروهای ما وقتی منهدم شدند، ایشان آنجا بود، شاهد بود و بعداً آمده بود برای ما نقل می‌کرد. علی‌أی‌حال، در هویزه که بچه‌های ما شهید شدند، من به‌طور قطع نفی نمی‌کنم، ولی من به هیچ وجه از کسانی یک تعلل عمدی، سستی عمدی، خیانت خدای نکرده مشاهده نکردم.»[323] از سوی دیگر سایت مشرق نیوز ادعا دارد که در جریان جنگ اساساً چنین اتفاقی نیافتاده است. همچنین سخنان خامنه‌ای علیه بنی‌صدر در مجلس نه در پاسخ نمایندگان سؤال‌کننده از وی در مورد فرار از جنگ، بلکه در جریان جلسه رای عدم کفایت در تاریخ ۳۱ خرداد ۱۳۶۰ می‌باشد.[324]

حسین علایی بی‌تجربگی و عدم برنامه‌ریزی درست برای رزمندگان سپاه پاسداران و نیز ناهماهنگی در عقب‌نشینی نیروها را عامل شکست می‌داند و می‌گوید: «عقب‌نشینی سریع واحدهای لشکر ۱۶ در این عملیات، آسیب روحی زیادی به رزمندگان وارد نمود و آن‌ها را دچار یأس و سردرگمی کرد.»[325] در خاطرات علی صیاد شیرازی، فرمانده نیروی زمینی ارتش در زمان جنگ، نیز ذکر شده در سال نخست جنگ قرارگاه مشترکی برای هماهنگی نیروهای عملیاتی ارتش و سپاه وجود نداشته‌است.[326]

در ۲۱ فروردین ۱۳۷۶، دادگاهی در آلمان، که به پرونده ترور میکونوس رسیدگی می‌کرد، در طی حکمی کمیته امور ویژه جمهوری اسلامی را، که سید علی خامنه‌ای یکی از اعضای آن بود، به دادن دستور این ترور، متهم کرد.[327] مرتضی سرمدی معاون ارتباطات وزیر امور خارجه ایران، در آن زمان اتهامات دستگاه قضائی آلمان را به شدت رد کرد و گفت: «ایران معتقد است مقامات قضایی آلمان و دستگاه قضایی این کشور تحت نفوذ صهیونیست‌ها به مبارزه سیاسی کثیفی علیه جمهوری اسلامی ایران دست یازیده‌اند.»[328]

پس از این حکم، آلمان و ایران سفرای خود در دو کشور را فرا خواندند و آلمان چهار دیپلمات ایرانی را از این کشور اخراج کرد، تمامی کشورهای عضو اتحادیه اروپا نیز، سفرای خود را از ایران فراخواندند. ایران نیز در پاسخ به این حرکت اتحادیه اروپا، تمام سفیران خود را از کشورهای عضو این اتحادیه فرا خواند و روابط دو طرف دچار بحران شد.[329] که تا سه ماه بعد و پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ادامه داشت.[330][331] این واقعه، موجی از اعتراضات را در میان مردم ایران علیه آلمان برانگیخت.[332] صدها تن از ایرانیان مخالف حکومت پس از اعلام حکم به شادمانی و رقص در خیابان‌های آلمان پرداختند و آلمان به شهروندانش درمورد سفر به ایران هشدار داد.[333]

در دیدار با لوئیس ایناسیو لولا داسیلوا رئیس‌جمهور وقت برزیل

نشریه نیویورک تایمز، مدعی است، که عبدالقاسم مصباحی، یکی از افراد بلندپایه وزارت اطلاعات ایران که درسال ۱۹۹۶ به آلمان گریخت، در مصاحبه‌ای با بازپرس دادگاه آمیا، که برای رسیدگی به پرونده بمب‌گذاری آمیا برگزار شده بود، خامنه‌ای را متهم کرد که عامل اصلی این ترور بوده و ۲۰۰ میلیون دلار از حساب مشترک خود با احمد خمینی در بانک سوئیس را صرف این کار کرده‌است. در نهایت دادگاه آرژانتین هیچ حکمی دربارهٔ خامنه‌ای صادر نکرد[334] ... و نیز مقامات ایرانی مدعی هستند که، تاکنون هیچ مدرکی علیه دخالت جمهوری اسلامی ایران در این خصوص ارائه نشده و سیستم قضایی آرژانتین را فاسد و موضوع را توطئه‌ای سیاسی از سوی «صهیونیستها» و «آمریکا» تلقی می‌کنند.[335]

اینستاگرام در ۱۸ دی‌ماه ۱۳۹۸ حساب کاربری انگلیسی زبان علی خامنه‌ای را بست. پیش از این نیز حساب‌های توییتر وی از دسترس خارج شده بود. منابع خبری در ایران همچنین اعلام کردند که همزمان تعداد زیادی از صفحات منتسب به فرماندهان سپاه مسدود شده‌است.[345]

در ۳ بهمن ۱۳۹۹، شبکه اجتماعی توئیتر، یک حساب کاربری خامنه‌ای را بخاطر انتشار تصویری که در آن یک جنگنده بر بالای دونالد ترامپ رئیس‌جمهور سابق آمریکا، پرواز می‌کند، مسدود کرد. در این تصویر نوشته شده که انتقام حتمی است و ترامپ در زمین گلف بازی می‌کند. توییتر اعلام کرد که به علت «نقض قوانین توییتر» حساب را بسته‌است.[346][347]

برخی از خبرگزاری‌های رسمی جهان، ادعای ساده‌زیستی خامنه‌ای را رد کرده و دارایی امپراتوری مالی وی را «۲۰۰ میلیارد دلار»[365] می‌دانند.[366][367][368]

ایالات متحده آمریکا روز دوشنبه ۲۴ ژوئن ۲۰۱۹ سید علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران و دفتر او را تحریم کرد. تحریم‌ها هم علی خامنه‌ای و هم دفتر او را هدف قرار می‌دهند. دونالد ترامپ گفت: «تحریم‌ها از طریق حکم اجرایی اعمال خواهد شد … و رهبر عالی و دفتر رهبری و آن‌هایی که با او و دفترش در ارتباط نزدیکی هستند، هدف قرار می‌دهد و آن‌ها را از دسترسی به منابع مالی کلیدی و پشتیبانی محروم خواهد کرد».[369][370][371]

روز ۷ تیر ۹۹ سید علی خامنه‌ای از صادق لاریجانی رئیس پیشین قوهٔ قضائیه که در جریان دادگاه طبری، فساد مالی دستگاه قضایی تحت ریاست وی بر ملا شده بود، حمایت کرد.[372][373][374]

خامنه‌ای بر تخت بیمارستان پس از ترور نافرجام

خامنه‌ای در ۶ تیر ۱۳۶۰ از ترور طرح‌ریزی‌شدهٔ رهروان گروه فرقان در مسجد ابوذر در هنگام سخنرانی، جان سالم به در برد، ولی جراحات شدیدی بر او وارد شد.[375][376] براساس اخبار منتشرشده در همان زمان، خامنه‌ای «از نقطه بالای کتف راست و بالای ران سمت راست» مجروح شد و «استخوان ترقوه» اش شکست و با قطع چند رگ و عصب دست راست وی، دچار مشکل حرکتی شد. دست راست او از آن هنگام از کار افتاده‌است.[377]

در صبح ۱۷ شهریور ۱۳۹۳، وبگاه رسمی خامنه‌ای از عمل جراحی پروستات وی خبر داد. علیرضا مرندی، رئیس تیم معالج وی اعلام کرد: «مدتی بود که این عارضه در رهبر انقلاب ایجاد شده بود و نظر پزشکان این بود که اکنون زمان مناسبی برای عمل است و رهبر معظم انقلاب نیز از نظر پزشکان معالج تبعیت کردند … رهبری پس از هفت روز در تاریخ ۲۴ شهریور ۱۳۹۳ از بیمارستان مرخص شدند.»[378] او پیش از رفتن به بیمارستان در مصاحبه با شبکهٔ خبر ایران گفت: «جای نگرانی نیست. این به معنای آن نیست که مردم دعا نکنند، لیکن ان‌شاالله جای نگرانی نیست و یک عمل خیلی معمولی و عادی است.»[379]

در ۲۸ نوامبر ۲۰۱۰، ویکی‌لیکس بخش‌هایی از اسناد و گزارش‌های طبقه‌بندی شده وزارت امور خارجه ایالات متحده آمریکا را افشا کرد. در یکی از اسناد، یک پیام در تابستان سال ۲۰۰۹ توسط کنسولگری آمریکا در استانبول ارسال شده. در این پیام یک تاجر که نام و هویتش فاش نشده و از نزدیکان اکبر هاشمی رفسنجانی است، گفت که علی خامنه‌ای به نوع نادری از سرطان خون مبتلاست و انتظار می‌رود در ماه‌های آینده بمیرد و هاشمی رفسنجانی تمایلی برای اقدام پس از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ ندارد چون می‌خواهد جانشین او شود و سپس، انتخابات محمود احمدی‌نژاد را لغو کند.[380][381]

در سال ۲۰۱۵ روزنامه فرانسوی فیگارو ادعا کرد که خامنه‌ای مبتلا به سرطان درجه چهار پروستات است و این خبر را از «چندین منبع در محافل اطلاعاتی غربی» به دست آورده.[382] مرحله چهارم این نوع سرطان وخیم‌ترین مرحله تلقی می‌شود و به گفته این روزنامه، منابع پزشکی اعتقاد داشتند که خامنه‌ای بیش از ۲ سال عمر نخواهد کرد.[383]

در آذر ۱۳۹۹، یک کاربر تأیید شده از سوی توییتر با حدود ۵۰۰ هزار دنبال‌کننده به اسم «محمد مجید» (با نام کاربری محمد اهوازی) نوشت که حال خامنه‌ای رو به وخامت است و به این علت، دیدار او با حسن روحانی در روز جمعه لغو شده و مسئولیت بیت رهبر به مجتبی خامنه‌ای منتقل شده‌است. او نوشت که اطرافیان وی این دفعه نگران شده‌اند و پزشکان ارشد بیمارستان مسیح دانشوری برای معاینه حضور یافتند.[383] این خبر در وبگاه نیوزویک و سان بازتاب یافت.[384][385] مهدی فضائلی، از چهره اصولگرایان و از اعضای دفتر خامنه‌ای این موضوع را تکذیب کرد.[386]